从ncbi下载的fast5格式nanopore测序原始数据解压后分装在多个文件夹里。在需要对其进行整体处理时操作十分不便。利用python写几行代码可以轻松把多个文件夹内的文件移动到一个新的文件夹中去。废话不说,直接上代码:
import os
import shutil
folderdir ='D:/old/pycharm/pythonProject/testfolder'
des_dir ='D:/old/pycharm/pythonProject/new_test'
def move(folderdir, new_dir):
for root,_,filenamesin os.walk(folderdir):
if filenames != []:
for filein filenames:
path = os.path.join(root,file)
shutil.move(path,des_dir)
return
os.mkdir(des_dir)
move(folderdir,des_dir)
其中folderdir后面加nanopore的fast5文件解压后的所有文件夹所在的根目录;而des_dir后面加你希望存放所有文件的目标文件夹。因为代码里有创建这个目的文件夹的语句,因此这个目标文件夹名(目录)必须是一开始不存在的。
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