避坑 sam转bam

sam转bam
运行samtools view -@ 16 -b XXX.sam >xxx.bam后报错
[W::sam_read1] parse error at line 1 [main_samview] truncated file

主要原因是在上一步生成sam文件时,日志信息也被写入sam文件,导致无法转换
要想避免这个问题,最好把命令写入shell文本,然后
nohup sh XX.sh 1>xx.log 2>&1 &
将日志信息定向输出到log文件中。

©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容