3_0_4 要理解并会用的几个脚本

这个介于3和4之间，目的是练习几个有用的脚本，学几个命令。

随便找几个文件进行练习，只是为了说明问题，这些其实是RNA-seq数据，但无所谓，只是看脚本的处理
有以下几个文件

假如现在觉得文件太大，想快速走下流程，那么可以提取文件中的前比如说1w行进行比对。align下建try_small文件夹，进到里面
所以

$ find /mnt/d/RNA-seq/RNAseqdata/try/*.fastq > fq.txt

:~/project/wes/align$ cat fq.txt
/mnt/d/RNA-seq/RNAseqdata/try/RNAseq_F-shEZH2_rep2.fastq
/mnt/d/RNA-seq/RNAseqdata/try/RNAseq_F-shEZH2_rep3.fastq
/mnt/d/RNA-seq/RNAseqdata/try/RNAseq_F-shNT_rep1.fastq
/mnt/d/RNA-seq/RNAseqdata/try/RNAseq_F-shNT_rep2.fastq
/mnt/d/RNA-seq/RNAseqdata/try/RNAseq_F-shNT_rep3.fastq
/mnt/d/RNA-seq/RNAseqdata/try/RNAseq_F-shSUZ12_rep1.fastq
/mnt/d/RNA-seq/RNAseqdata/try/RNAseq_F-shSUZ12_rep2.fastq
/mnt/d/RNA-seq/RNAseqdata/try/RNAseq_F-shSUZ12_rep3.fastq

假如说现在想取文件的前10000列，输入到一个新的文件，目的是快速运行
基本结构如下

$ cat fq.txt|while read id ;do echo $id;done

扩展

$ cat fq.txt|while read id ;do (basename $id);done

RNAseq_F-shEZH2_rep2.fastq
RNAseq_F-shEZH2_rep3.fastq
RNAseq_F-shNT_rep1.fastq
RNAseq_F-shNT_rep2.fastq
RNAseq_F-shNT_rep3.fastq
RNAseq_F-shSUZ12_rep1.fastq
RNAseq_F-shSUZ12_rep2.fastq
RNAseq_F-shSUZ12_rep3.fastq

注意

• basename的用法见Linux_basename命令详解
• basename命令用()，代表运行其里面的命令

 cat fq.txt|while read id ;do (zcat $id|head -10000 > $(basename $id) $id;
done

align/try_small$ ls -lh
total 4.9M
-rw-rw-rw- 1 kelly kelly  453 May 30 22:27 fq.txt
-rw-rw-rw- 1 kelly kelly 567K May 30 22:29 RNAseq_F-shEZH2_rep2.fastq
-rw-rw-rw- 1 kelly kelly 567K May 30 22:29 RNAseq_F-shEZH2_rep3.fastq
-rw-rw-rw- 1 kelly kelly 582K May 30 22:29 RNAseq_F-shNT_rep1.fastq
-rw-rw-rw- 1 kelly kelly 567K May 30 22:29 RNAseq_F-shNT_rep2.fastq
-rw-rw-rw- 1 kelly kelly 567K May 30 22:29 RNAseq_F-shNT_rep3.fastq
-rw-rw-rw- 1 kelly kelly 582K May 30 22:29 RNAseq_F-shSUZ12_rep1.fastq
-rw-rw-rw- 1 kelly kelly 567K May 30 22:29 RNAseq_F-shSUZ12_rep2.fastq
-rw-rw-rw- 1 kelly kelly 567K May 30 22:29 RNAseq_F-shSUZ12_rep3.fastq

可见文件小多了，这样可以快速进行。

如果不想试探性运行，上面这一步可以不做。可以从下面开始。