如何修改R包源代码及使用修改后的R包-以DoubletFinder为例

> sweep.list <- paramSweep_v3(plaque_harmony, PCs = 1:min.pc, num.cores = detectCores() - 1)
Error in paramSweep_v3(plaque_harmony, PCs = 1:min.pc, num.cores = detectCores() -  : could not find function "paramSweep_v3"
> sweep.list <- paramSweep(plaque_harmony, PCs = 1:min.pc, num.cores = detectCores() - 1)
Error in seu@assays$RNA$counts : $ operator not defined for this S4 class

由于单细胞数据格式更新，R包代码更新，导致跟原来的数据格式不匹配，所以出现数据不能识别，实际上需要将源代码的 $ 改为 @

seu@assays$RNA$counts
to
seu@assays$RNA@counts

这样数据就能识别，所以需要修改源代码并保存，步骤如下：

1. 找到R包安装时下载的文件，翻出自己所用到的功能及其对应的代码，然后进行修改
   Inkedlib path_LI.jpg
   R function.PNG
   find formula.PNG

2. 回到R studio 删除并卸载环境中的R包并重新安装

> detach("package:DoubletFinder", unload=TRUE) #解除环境中的R包
> remove.packages("DoubletFinder")  #卸载R包
> devtools::install_local("your path/DoubletFinder.zip")  #使用修改后的源文件安装
> library(DoubletFinder)
> sweep.list <- paramSweep(plaque_harmony, PCs = 1:min.pc, num.cores = detectCores() - 1)   #正常运行，不报错啦