R批量读取、处理及写出文件

在对同一路径下多个文件做相同处理时，可以循环读取文件夹中的文件，批量读取，处理和写入文件，会大大提高工作效率，在R语言中，处理方法如下所示。

1.批量读取文件

path <- "~/path/to/your/file/"
fileNames <- dir(path) 
filePath <- sapply(fileNames, function(x){ 
  paste(path,x,sep='/')})   
data <- lapply(filePath, function(x){
  read.csv(x)})  

2.批量处理文件及写出

上面多个文件被读入到一个叫data的list的文件中，下面可以通过data[[]]来取出每一个文件来进行相同的处理。

for (i in 1:length(fileNames)){
  temp<-data[[i]]
write.csv(temp,paste0("../../AllMatrixCountGeneSymbol/",tag,".csv"))
  
}

下面是对ensembl id注释成gene symbol的例子
每个需要处理的文件为：

注释文件：

for (i in 1:length(fileNames)){
  temp<-data[[i]]
temp[,1]<-unlist(lapply(as.character(temp[,1]), function(x){strsplit(x, "\\.")[[1]][1]}))
tag<-unlist(lapply(as.character(colnames(temp)[1]), function(x){strsplit(x, "\\id_")[[1]][2]}))

colnames(temp)[1]<-"ENSEMBL"
temp<-aggregate(.~ENSEMBL,temp,mean)
temp<-merge(ann,temp)
temp<-temp[,-1]
temp<-aggregate(.~GeneSymbol,temp,mean)
rownames(temp)<-temp$GeneSymbol
temp<-temp[,-1]
write.csv(temp,paste0("../../AllMatrixCountGeneSymbol/",tag,".csv"))
  
}

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参考：
https://blog.csdn.net/u011596455/article/details/79601113