2020-05-02

awk实现两个文件的合并
文件A：
12 ab we h的
34 bf dwd d丰富
56 dejw csc 而从容
文件B：
12 ddd de 得分
34 ede ee 的风
56 fef de 发热
合并成C文件：
12 ab we h的 12 ddd de 得分
34 bf dwd d丰富 34 ede ee 的风
56 dejw csc 而从容 56 fef de 发热

image.png

awk 'NR==FNR{a[ $1]=$ 0;nr=NR;} #处理第一个文件并存进数组a里
NR>FNR {for(n in a){ #处理第二个文件，对每一行都遍历数组a，
m=0; #赋值给m，为不存在数组里的元素做输出准备
if( $1==n){ #如果存在元素$ 1在数组里执行一下操作
m=1;print a[n]"\t" $0; delete a[$ 1];break #打印，删除该元素，跳出整个循环，即处理下一行
}
}
if(m==0){ #如果m==0，就是把不存在a中的元素输出
print $1"\t0\t0\t0\t"$ 0 #打印不存在a中的元素
}
}
END{
for(n in a){ #打印只存在文件1中，但不在文件2中的元素
print a[n]"\t"n"\t0\t0\t0"
}
}'
S24_motifs.gff_appropriate_gene_methylation veg_motifs.gff_appropriate_gene_methylation

merge_gene_methylation #输入和输出

awk 'NR==FNR{a[ $1]=$ 0;nr=NR;}NR>FNR{for(n in a){m=0;if( $1==n){m=1;print a[n]"\t"$ 0;delete a[ $1];break}}if(m==0){print$ 1"\t0\t0\t0\t"$0}}END{for(n in a){print a[n]"\t"n"\t0\t0\t0"}}' S24_motifs.gff_appropriate_gene_methylation veg_motifs.gff_appropriate_gene_methylation >merge_gene_methylation