文献信息：
标题：An integrated catalog of reference genes in the human gut microbiome
中文：肠道(人)宏基因组参考基因集
杂志：nature biotechnology
时间：2014
单位：深圳华大生命科学研究院
摘要：
许多对人类肠道微生物组的分析都依赖于参考基因的目录。现有的人类肠道微生物组目录是基于单个队列或参考基因组或蛋白质序列的样本，这限制了对全球微生物组多样性的覆盖。在这里，我们将249个人类肠道宏基因组(MetaHit)项目的新测序样本与1018个之前测序的样本结合起来，创建了一个来自三大洲的队列，该队列至少比之前基因目录使用的队列大3倍。在此基础上，建立了包含9,879,896个基因的综合基因目录(IGC)。该目录包含了大多数肠道微生物近乎完整的基因，它们的质量也比以前的目录高得多。使用该目录对一组来自中国和丹麦的样本进行了分析，揭示了各国特有的肠道微生物特征。这个扩展的目录将有助于定量表征肠道微生物组的宏基因组、超转录组和元蛋白质组数据，以了解其在人类健康和疾病人群中的变化。
1 IGC构建流程
2 IGC覆盖度
3 3CGC基因组覆盖度提高
4 中国，丹麦微生物群比较
5 低呈现基因的丰度和功能
6 低呈现基因的瞬时稳定性
