Hisat2: 序列比对

将序列与建立的reference进行比对

• 1. 序列文件的格式必须是 fastq 或者 fasta 格式
• 2. 序列文件不可以是压缩格式

1. 单端数据

hisat2 -p 16 -x reference -U reads.fastq output.sam

-p : 线程数
-x : reference路径和文件名前缀
reads.fastq : 单端测序序列文件

给出索引路径和文件名时，一定只给出索引文件的前缀，即.x.ht之前的部分

比对结束后，输出是 .sam 格式

2. 双端数据

hisat2 -p 16 -x reference -1 read1.fastq -2 read2.fastq output.sam

-p : 线程数
-x : reference路径和文件名前缀
-1 : read1路径和文件名
-2 : read2路径和文件名

给出索引路径和文件名时，一定只给出索引文件的前缀，即.x.ht之前的部分

比对结束后，输出是 .sam 格式