1：在线构建RAxML树
1. CIPRES网站：
CIPRES Science Gateway V3.3：https://www.phylo.org/portal2/home.action#
2. 上传数据，选择RAXML tools
3. 设置参数
2： 本地构建RAxML法
首先安装Linux版本RAxML
$ raxmlHPC -f a -x 12345 -p 12345 -# 100 -m PROTGAMMALGX -s example.phy -n ex -T 20
并行化软件支持，能最快速计算。并行化20个任务，每个任务使用8线程，能使用全部160线程计算资源：
$ /opt/sysoft/mpich2-1.5/bin/mpirun -np 20 raxmlHPC -f a -x 12345 -p 12345 -# 100 -m PROTGAMMALGX -s ex.phy -n ex -T 8
参数解读：
RAxML 的参数非常多，设置非常复杂，上述常用例子的参数为：
-f a
此参数用于选择 RAxML 运算的算法。可以设定的值非常之多。 a 表示执行快速 Bootstrap 分析并搜索最佳得分的 ML 树。
-x 12345
指定一个 int 数作为随机种子，以启用快速 Bootstrap 算法。
-p 12345
指定一个随机数作为 parsimony inferences 的种子。
-# 100
指定 bootstrap 的次数。
-m PROTGAMMALGX
指定核苷酸或氨基酸替代模型。PROTGAMMALGX 的解释： "PROT" 表示氨基酸替代模型； GAMMA 表示使用 GAMMA 模型； X 表示使用最大似然法估计碱基频率。
-s ex.phy
指定输入文件。phy 格式的多序列比对结果。软件包中包含一个程序来将 fasta 格式转换为 phy 格式。
-n ex
输出文件的后缀为 .ex 。
-T 20
指定多线程运行的 CPUs 。
3. RAxML结果文件说明：
RAxML_bootstrap.ex： 完整的全部bootstrapped trees
RAxML_bestTree.ex ：最佳得分 ML 树
RAxML_bipartitions.ex ：有 bootstrap 分值支持的最佳得分树，分值在 node 上。
RAxML_bipartionsBranchLabels.ex ： 有 bootstrap 分值支持的最佳得分树, 分值在 branch 上。FigTree不能识别此文件。
说明：
-f a: tell RAxML to conduct a rapid Bootstrap analysis and search for the best-scoring ML tree in one single program run. Example: raxmlHPC-f a-s alg -x 12345 -# 100 -m GTRCAT -n TEST.
f b: when this is specified RAxML will draw the bipartitions using a bunch of topologies (typically bootstrapped trees) specified with -z (see below) onto a single tree topology specified by -t (typically the best-scoring ML tree). Example: raxmlHPC -f b -t ref -z trees -m GTRCAT -s alg -n TEST.
If you use -f a the tree file name RAxML_bipartions.[run_name] will be the best tree with bootstraps. For the f -b approach you first need to estimate a an optimal tree.
4. 查看Tree
Figtree:使用Figtree查看RAxML_bipartions.ex 文件，可显示最佳得分树的bootstrap信息。
MEGA: 使用MEGA软件可得到压缩树condensed tree，打开RAxML_bipartions.ex或者RAxML_bipartionsBranchLabels.ex 显示设定bootstrap阈值的condensed tree。
部分转载自：使用 RAxML 构建进化树:http://www.chenlianfu.com/?p=2225
更多参数可参考：https://www.yuque.com/wusheng/gw7a9p/mcc73y
