经历八王之乱和永嘉之乱，西晋王朝岌岌可危。东海王司马越在军事上取得最终胜利，与琅琊王衍互相成就。但此时，由于司马家族大量雇佣胡人作战，终究酿成胡人反叛的苦果。“鲜卑、乌桓起兵，所支持的是司马越；匈奴起兵，所支持的是司马颖。既然司马越与司马颖势不两立，胡人双方也势不两立。由此可知五胡乱华的直接起因，是各胡族统治者分别参与西晋统治者之间的矛盾。”正当北方一片混乱，司马家族几乎打光所有宗族势力时，被司马越派往江左的司马睿延续了晋王朝的帝祚。但此时，皇权已然衰落，士族门阀登场，天下呈现出“王与马共天下”的局面。
“王与马共天下”就是东晋政治的表象。门阀大族把握军权，屯兵方镇；司马皇权守住建康，平衡诸家。东晋一百多年的历史，先后由琅琊王氏、颍川庾氏、谯国桓氏、陈郡谢氏、太原王氏成为首要门阀，而谁也未曾取代司马皇权，受禅取得皇权。皇权依靠门阀对抗北方的少数民族政权，又可以平抑新兴士族势力；而门阀贵族拥兵在外，在首都建康安插亲信，名义上以北伐为己任，实际还是关注东晋各家门阀政治力量的变化。
门阀势力的兴衰都和军事实力有关，太原王氏除外。琅琊王氏王导的势力败于族弟王敦叛乱，颍川庾氏剿灭有功，乘势而上。谯国桓氏桓温经营北伐有功，废庾氏后人为庶人，废东海王而立简文帝司马昱，但终因陈郡谢氏谢安阻扰，未加九锡，抑郁而亡。谢氏曾在豫州经营方镇，后又得北府兵助力，至淝水之战大捷而归，本该一时无两。但此时，孝武帝欲振兴皇权，以司马道子为标志的相权也开始崛起，谢氏被夺去军权，门阀士族的权力巅峰自此而衰。尔后的门阀太原王氏只得依附皇权与相权，终因皇权与相权之争而全部覆灭。
在这些门阀贵族的军事争斗过程中，有几个很重要的军事势力起了制衡的作用。一支是京口的北府兵，另一支是在襄阳兵。他们的特征是以北方的流民为主要成分，而帅位为士族掌握。北府兵本是用来抵抗北方胡人的入侵，但后来逐渐演变为拱卫都城建康，抵挡门阀贵族的外镇部队。但当门阀贵族政治衰弱之时，这些流民部队也在蠢蠢欲动。公元400年左右，太原王氏王恭在皇权与相权争斗之时起用北府流民部队，但流民帅刘牢之屡次倒戈，终被桓玄削去兵权，自缢而亡。等到流民帅刘裕平衡各方势力，自立为帝时，已是二十年后。
门阀贵族在文化上由儒入玄，门下都有清谈家，但各家势力也都有拥有事功的务实之人。“遵儒者之教，屡道家之言”，无论王导还是谢安，都是这样的人物。在文化上推崇玄学，好谈论自然与名教。“他们一般的特征是嗜五石散，习南华言，浮华相扇，标榜为高。他们不知疲倦地谈有无，谈言意，谈才性，谈出处，虽然鸿篇巨著不多，但一语惊人，便成名誉。考其思想内容，核心之处仍然是名教与自然的关系，而这还是洛都‘三语掾’的心声。”这是文化上的门槛，也是能成为门阀贵族的主要标准。而当门阀贵族的强人不在，门阀贵族的后人只谈玄学、佛教之时，他们也只有表面的倔强了。直到南朝，刘宋才完成了孝武帝的愿望，振兴了皇权，此时，他对士族也就予取予求了。
“东晋一朝，皇帝垂拱，士族当权，流民出力，门阀政治才能维持。” “如果没有一个成熟的有力量有影响的社会阶层即士族的存在，如果没有一个丧失了权威但尚余一定号召力的皇统存在，如果没有民族矛盾十分尖锐这样一个外部条件，如果以上这三个条件缺少一个，都不会有江左百年门阀政治局面。”这就是独特的东晋门阀政治，也就是皇权不兴的一百年历史。
