2020-06-24 prefetch 调用 aspera 下载SRA数据踩坑

最近课题需要,要下载几个SRA数据,没想到小小的更新了一下软件,浪费了我大半天时间除bug。因为距离我上一次使用prefetch和aspera下载数据已经有大半年,于是我先把服务器上的prefetch和aspera全部更新到了最新版

conda installsra-tools=2.10.7

conda install-chccaspera-cli=3.9.1

结果当我如往常一样,用下面命令下载数据时

prefetch-tascp-a"/home/lwu/opt/miniconda3/envs/biopy3/bin/ascp|/home/lwu/opt/miniconda3/envs/biopy3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh"SRR10009433-O~/tmp

诡异的事情发生了:


各种google,百度搜索解决办法,都没有效果,并且我在sra-tools的github issues下发现了这个,perfetch已经不支持aspera下载了,令人绝望。具体参考链接:https://github.com/ncbi/sra-tools/issues/255

莫非只能用http下载了,不甘心的我继续搜寻,发现似乎可以通过版本回退解决这个问题,于是经过本人的多次尝试,以下版本是可以调用aspera的:

conda installsra-tools=2.9.2

conda install-chccaspera-cli=3.7.6

安装成功后,下载命令如下:

prefetch-tascp-a"/home/lwu/opt/miniconda3/envs/biopy3/bin/ascp|/home/lwu/opt/miniconda3/envs/biopy3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh"SRR10009433-O~/tmp

折腾了一下午,终于搞定!总结经验,千万不要随随便便更新,有时候旧版本更好用!

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