沾点数学的东西总能让我琢磨好一阵子。完成作业顺便复习一下知识点解答一下自己的疑惑。
作业要求
关联检验中 期望值 的理解
以题目信息为例 这是实际观察到的一个状态
observed
一看到这个列联表，让人不禁想到讲HW平衡的时候的检验（是否满足HW平衡，是否连锁？）忍不住想要算基因频率再算期望中的AA Aa aa了
但是wait。。。。
expected
Allelic Model的A,a 与 OR的A,a
Allelic 模型的假设是：等位基因A和等位基因a对基因的基因影响是不同的
OR(比值比，优势比)不是假设，而是看基因A和基因a在病例与对照两类人群中造成的效应
Recessive Model (隐性模型) 卡方检验
隐性基因a致病 于是AA v.s. Aa aa
括号内为期望值
计算得卡方值82.585
image.png
利用R进行卡方检验(不需要用什么方法矫正的)
rm <- matrix(c(8,70,92,30),2,2)
rm.chisqtest<-chisq.test(rm,correct=F)
View(rm.chisqtest)
image.png
Allelic Model 卡方检验
A=2AA+Aa
a=2aa+Aa
image.png
am <- matrix(c(42,159,158,41),2,2)
am.chisqtest<-chisq.test(am,correct=F)
View(am.chisqtest)
image.png
OR值和95%CI
A：AA+Aa
a：Aa+aa
image.png
(0.105,0.147)
