Linux系统中安装软件
conda是什么
1.是Linux系统的应用商店
2.如何下载和安装，
- 搜索“miniconda 清华”
- 在Linux系统中查看服务器为几位，“uname -a”,回到网页，选择相同位数的
- 找到最新版本
- 复制版本链接
- 找到要安装的目录（cd ）
- wget ＋刚才复制的链接
- 正常安装，即可
- 如失败，bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
- 转载自生信星球
-
到此安装结束转载自生信星球.png
- 激活软件才能使用，先输入source ~/.bashrc，在输入 conda（*如果不成功，就删除miniconda文件夹，用rm -rf）
- 必须添加镜像，
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda set show_channel_urls yes
使用conda
1.查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list
conda list
2.搜索conda软件 conda search fastqc
转载自生信星球
3.安装软件 conda install fastqc -y （-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes）注：默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y
安装软件
4.卸载软件 conda remove fastqc -y
卸载软件
conda 环境
生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。（摘自生信星球）
1.先查看当前conda有哪些环境
conda info --envs (前面带* 的就是默认的)
查看环境
2.比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的，不是要你学python或者用它干什么。)
使用代码：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
建立环境
3.创建完之后，再次查看一下我们的conda环境，conda info --envs ，看是不是多了一个rna-seq。但是发现，默认还是base
检查环境
4.我们该激活新的conda环境
代码：conda activate rna-seq ，这时默认的就会转移到rna-seq前面；另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq) ;
接着，你可以输入fastqc 试，如果出现下面的一大片信息就说明可以使用了（了解一下：其实这些是帮助信息，你只输入了一个软件名称，没有给他跟上操作对象，所以他不会执行命令，就给你显示帮助文档让你看看，虽然，，并不需要仔细看，就是给你提供下安全感而已。）
如果要退出当前环境，就运行conda deactivate
激活新的环境
