首先应该认识到，MES企业管理系统 的应用，不仅仅是软件的引进，使企业的日常经营活动自动化，其更萤要的是对企业传统的经营方式的根本性变革，使其更加合理化、科学化，是从流程这一企业最基础层面进行“根本性改变”来增强企业的应变能力和竞争能力。因此就要求企业在MES实施之前和实施过程中必须有步骤、有计划的进行业务流程重构，即BPR。实践表明，MES实施后企业效益的提高，一方面来自MES软件本身，另一方面就是得益于企业业务流程有效的重新构建，具体体现在以下三个方面：
1 MES软件的设计背景要求企业进行相应的业务流程重构
MES软件是从国外引入的，是成熟市场经济的管理思想和技术的集成。但我国目前还处在由计划经济向市场经济的转型期，管理思想、手段和方法等与MES的要求相差很大。这就必然要求企业在应用MES之前首先要进行业务流程重构，按照MES软件的管理环境要求对现有的业务流程进行“根本性”的改造。如应用MES将直接引入国外先进的标准成本制度，从而有效地加强成本的分析和控制。但标准成本制度与我国企业现行的成本管理制度是有区别的，如果企业不进行流程重组以对这些制度进行改进，MES系统中的成本管理功能就不能有效地得以应用，企业也就无法有效地加强成本的分析和控制。
2 MES软件的功能实现要求企业监须进行对应的业务流程重构
MES既是一套先进的计算机管理系统，更是一种新型的管理思想和模式。它把客户需求和企业内部的经营活动、以及供应商、经销商的资源整合在一起，体现了完全按用户需求为中心的经营思想，将企业的业务流程看作是一个紧密连接的供应链，其中包括供应商、制造工厂、分销网络和客户等。同时将企业内部管理按流程划分成相互协同作业的支持子系统，如订单、采购、库存、计划、生产制造、质量控制、分销、服务与维护、财务管理、投资管理、风险管理、获利分析、人事管理、项目管理等。其功能实现无疑要求企业对原有的组织机构、人员设置、工作流程进行重新的安排，以保证MES功能的实现。比如，应用MES可对生产负荷与生产能力进行平衡分析，确保生产过程的均衡性和连续性。但如果不能应用BPR对能力要素中的设备、员工、技术等进行有效的组合、维护、培训和提高，那么，MES系统就无法有效地对生产负荷与生产能力进行平衡分析，确保生产过程的均衡性和连续性。诸如此类的问题若不解决，MES应用效果必将大打折扣。
3 MES软件的应用目的要求企业实施业务流程重构
从根本上来讲，企业应用MES的目的在于改善企业经营管理，提高企业经济效益。这样的目的就必然要求企业能够借助于MES在企业中的实施应用不断地优化它的业务流程，使整个经营活动更加符合科学管理的要求，因为对任何企业来说在它现有的业务流程中都会存在着一些不合理的地方，如果不能够首先对这些不合理的流程进行彻底改造而仅仅是盲目地将原有的业务流程通过MES软件的实施进行自动化转变，则MES软件实施的效果可想而知。因为利用MES系统使复杂或者不产生价值的流程自动化并不能提高生产力或提高业绩，相反只会导致更加混乱、低效的流程和更为“高效”的浪费。
