哥本哈根动物园由鸟类学家内尔斯，创建于1859年。哥本哈根理事将威尔赫尔曼公主花园的夏季花园赠给了内尔斯。
在动物园刚创立的时候，游客可以在这里看到如老鹰、鸡、鸭、猫头鹰、兔子、狐狸、海豹和海龟等动物。在动物园最初的几年中，园区主要将注意力集中在了展示尽可能多种类的动物，但是在这之后，动物的安全和安宁却因为动物种类和数量的增长而成为了新的问题，因为不同种类的动物都开始争夺地盘了。
在最近的25年间，哥本哈根动物园进行了改革，主要是用围栏代替原来的笼子，以让动物生活的环境更加自然。对于游客来说，这样的展示模式也使得人们有机会了解到动物自然的生活习性。
小朋友可以近距离接触到动物。特别是一岁到两岁的小孩，都可以与小羊互动。在展示奶牛的区域，小朋友可以模拟挤奶。
动物园中还有一些稀有品种动物，该动物园是澳大利亚外唯一一家拥有袋獾类动物的动物园。动物园中还拥有极其稀少的阿穆尔豹（Amur leopard）和阿穆尔虎（Amur Tiger）。
海雀
海雀生活在北极地区，一些品种冬季在温带地区度过。海雀善于游泳和潜水，一般能潜入水下10米以上。以鱼类、甲壳动物和其他海生无脊椎动物为食。
海鸠
生活在太平洋沿岸地区的海鸠，天生是一把游泳好手。它以海生甲壳动物为食，也会“生产”不倒翁。这种不倒翁就是它们产的蛋。海鸠在海边岩石上筑窝，那儿的风特别大，足以刮跑鸟蛋。而海鸠每次只产一个蛋，要是这个蛋被刮跑，海鸠岂不就要绝种！对付狂风海鸠自有办法。它们将蛋产在峭壁上，狂风吹来，海鸠蛋只会原地滴溜溜地打转，而绝不会被风刮跑。因为海鸠蛋的重心极低。样子及像不倒翁。也许，我们人类的祖先在制造不倒翁的时候，正是受到了这类鸟蛋的启发。
还有生长在马达加斯加岛上的环尾狐猴。
