在生物学和植物学研究中,地图作为展示物种分布、分析生态环境关系以及追踪动态变化的重要工具,具有不可或缺的作用。
通过地图,研究人员能够直观地呈现植物物种的地理分布范围,深入探讨环境因子对物种分布的影响,并有效追踪外来物种的入侵路径。
1、安装ggmapcn,这个包安装方式很多:
① 使用以下命令从GitHub 安装ggmapcn 的开发版本:
devtools::install_github("Rimagination/ggmapcn", force = TRUE)
如果未成功使用下面命令
② 安装匹配的安装包:
#install.packages("devtools") # 如果尚未安装devtools包
#devtools::install_github("rspatial/terra")
等待安装成功即可
③ 运行R包:
library(ggplot2)
library(ggmapcn)
2、运行绘图命令 :
1)中国地图
该函数新增了参数 admin_level,用于选择不同层级的行政区划数据。一般默认参数值为 "province",即使用省级数据。如果需要调用市级或县级的区划数据,可以将该参数指定为"city" 或"county"。
2)绘制特定省份(如安徽或者甘肃)的地图
对于仅需展示特定省份或城市的需求,可以在geom_mapcn 函数中使用filter_attribute 和filter 参数进行控制。 按照想要的改即可。
安徽板块
甘肃地图
3)在同一图中叠加中国地图和安徽省地图
geom_mapcn() 提供了绘制中国地图的样式,而filter 则用于控制省市级地图的绘制样式。因此,结合ggplot2 的绘图特性,可以在同一个图中同时叠加绘制中国地图和省市级地图。
4)使用阿尔伯斯投影绘制中国地图
5)绘制大陆边界和海岸线
6)在中国边界周围添加缓冲区
7)绘制世界地图
8)同时绘制世界地图和中国地图
这里的color用于控制省市边界线的颜色
9)使用 filter_attribute 和 filter 绘制特定国家地图
10)显示局部地图并进行坐标投影
代码定义了一个投影字符串china_proj,该投影以中国的中心经纬度(35°N, 105°E)为中心,并使用WGS84 椭球体。然后,使用ggplot()初始化地图绘制,geom_world() 绘制世界地图作为背景,geom_mapcn() 绘制中国的地图,并设置填充颜色和边框颜色为浅蓝色。接着,使用coord_proj() 将地图坐标转换为定义好的Azimuthal Equidistant 投影,并限制经纬度范围为中国的主要区域(经度 60° 到 140°,纬度 10° 到 50°)。最后,theme_minimal() 被应用以呈现简洁的地图风格。该代码生成的地图清晰地展示了中国在该投影下的位置和形状,适合展示以中国为中心的地图视图。
11)绘制中国地图并叠加点图
使用geom_loc() 时,只需指定crs、经度和纬度列即可。
生物信息学领域非常广泛,难以一次说尽。我们下次继续更新,一起深入学习生物信息学的内容!
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