2020.2.13|Linux 线上课程第一讲

登陆服务器
- 打开Mac终端输入账号
- 输入密码 (界面不会显示输入过程回车即可)
- 打开Linux示例文件选中配置命令配色代码行
```
echo 'export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc
```
- 用户名、输入命令、显示时间、返回结果等等就具备可区分的颜色属性
- FileZilla的登陆，用户名和密码都同第一步，端口22
- FileZilla的左边为本地文件列表，右边为服务器文件列表，左右拖动文件即可在本地和服务器之间传输相应的文件
Linux的基本概念
- Linux是一个类Unix操作系统，操作系统就是管理和控制计算机硬件和软件资源的最基本的计算机程序的应用程序都必须基于操作系统的支持才能够运行。
- Linux系统稳定有效率，漏洞且方便快速修补，更加安全的文件权限策略，适合小内核程序的嵌入系统，相对来说不耗费资源。需要长期稳定运行的网站服务器上、在处理大数据的集群系统中以及需要协同工作的环境更适合采用Linux系统。
- 至于为什么要学习Linux：测序数据上百G的数据量需要使用服务器中的生信软件来分析数据，服务器就是功能更强大的计算机，它CPU更多，内存、硬盘更大。
- 生信分析软件大部分是小众定制软件，都是大佬开发生信分析软件都是C或者perl开发的，基于Linux软件生态环境，且生信软件都是以源代码的形式发布。
Linux基本命令格式
- 命令+参数+文件 command [-options] [parameter] [FILE]
- 命令返回结果中各种颜色的含义
  - 深蓝色：目录
  - 绿色：可执行文件
  - 红色：压缩文件
  - 浅蓝色：链接文件
  - 灰色：其他文件
- 常见命令汇总
  - tar -zxvf Data.tar.gz（解压gz结尾的文件夹）
  - who (我是谁)
  - pwd(我在哪)
  - ls(这里有什么)
    1. -a 列出目录下的所有文件，包括以.开头的隐藏文件
    2. -d 将目录像文件一样显示，而不是现实其下的文件
    3. -l 按长格式现实详细属性
    4. -h 配合-l以人性化的方式显示文件大小
    5. -t 按时间排序
    6. -r 反向排序
    7. --help 查看帮助文档
  - cd(切换目录)
    1. cd .. 返回上级目录
    2. cd - 返回上一次操作的目录
    3. cd ~ 返回家目录
  - mkdir(make directory 新建目录)
    1. -p 递归创建目录
  - touch(创建文本)
    
    eg. touch new.txt 创建一个名称为new的txt文件
  - mv(move 文件或目录改名/移动文件或目录)
    
    什么时候是改变什么时候是移动主要看第二个参数是不是存在的文件夹
  - cp(copy and paste 复制文件或者文件夹)
    1. -i 交互式复制
    2. -r 递归复制
    3. -f 强制拷贝覆盖
  - rm(remove 删除目录或文件)
    1. -i 交互式删除
    2. -r 删除文件夹
    3. -f 强制删除
  - ln(link 链接文件（建立快捷方式）)
    1. -s 建立软链接
  - 压缩与解压命令根据压缩包类型不同而不同
```
| 压缩文件扩展名 | 压缩 | 解压 
| :-: | :-: | :-: 
| .gz | gzip | gunzip or gzip -d| 
| .zip | zip | unzip| 
| .bz2 | bzip2 | bzip -d| 
| .tar | tar -cf | tar -xf| 
| .tar.gz | tar -zcvf | tar -zxvf| 
| .tar.bz2 | tar -jcvf | tar -jxvf| 
```
  - Linux文件夹与文件管理命令汇总
```
| 命令 | 英文 | 功能 
| :-: | :-: | :-: 
| pwd | print working directory | 打印当前所在目录 
| ls | list | 列出指定路径下信息 
| cd | change directory | 切换目录
| mkdir | make directory | 新建目录
| touch |  | 新建文本 
| mv | move | 1.文件或者目录改名 2.移动文件或目录 
| cp | copy and paste | 复制文件或目录 
| rm | remove | 删除文件或目录 
| tar | tape archive | 压缩&解压文件 
| ln | link | 链接文件 
```
- 文本查看、操作、统计命令
  - cat/tac(打印文本内容)
    1. -n 显示行号
    2. -A 展示全部字符
    当查看文本过长被刷屏时，使用Ctrl+C终止命令
  - head/tail(显示前/后N行，默认10行)
    1. -n 展示文本前/后n行
  - more(逐页查看文档内容)
    1. Enter向下移动一行，空格键翻页，q退出
    2. 查看内容时不可以向上翻页
  - less(升级版逐页查看文档内容)
    1. -S 单行显示
    2. -N 显示行号
    上下左右键即可查看文本内容，Enter向下移动一行，空格键翻页，q退出
  - Linux文本查看命令汇总
```
| 命令 | 功能 
| :-: | :-: 
| cat | 查看文本并输出到屏幕 
| tac | 反向查看，是cat命令的补充 
| head | 显示文档的开头至标准输出中，默认显示10行
| tail | 显示文档的末尾至标准输出中，默认显示10行
| more | 逐页查看文档内容 
| less | 逐页查看文档内容，more的升级版 
```
  - wc(文本统计行数/字符/文本大小)
    1. -l 统计行数
    2. -w 统计字符串数
    3. -c 统计字节数
  - cut(文本切割命令，以列为单位处理数据)
    1. -d 自定义分隔符 (-d".")
    2. -f 分割符分割文本后，输出制定的列，可以是一个范围
    3. -b 以字节为单位进行分割
    4. | 管道符把前一个命令的结果作为后一个命令的输入
  - sort(排序)
  1. -n 按照数值从小到大进行排序
  2. -r 逆向排序
  3. -t 指定分隔符
  4. -k 指定区域
  - uniq(去除重复行)
  1. -c 统计每个字符串连续出现的行数
  - paste(文本合并命令，可以以列为单位处理数据)
  1. -d 指定分隔符
  2. -s 按行合并
  - Linux文本统计&初级处理命令汇总
```
| 命令 | 功能 
| :-: | :-: 
| wc | 统计行数，词数和字节数
| sort | 对数据排序 
| uniq | 以行为单位去冗余
| cut | 文本切割命令，以列为单位处理数据
| paste | 文本合并，默认按列合并文本
```

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