nohup sh atac.bat &

1.gatk下载安装

参考教程安装GATK4 - 简书 (jianshu.com)
下载地址https://github.com/broadinstitute/gatk/releases #下载到电脑->服务器
https://github.com/broadinstitute/gatk/releases/download/4.3.0.0/gatk-4.3.0.0.zip
unzip gatk-4.1.3.0.zip #解压以后就可以使用
为了方便使用可以配置到环境变量中

# 备份，防止出错用
echo $PATH 
#/home/chenyuqiao/miniconda2/envs/wes/bin:/home/chenyuqiao/.aspera/connect/bin:/home/chenyuqiao/miniconda2/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/games:/usr/local/games
echo export PATH="/home/songxh/software/gatk-4.3.0.0:$PATH" >> ~/.bashrc
source .bashrc

2.添加镜像源channels

vi ~/.condarc

channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
custom_channels:
  conda-forge: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud

3.查看当前环境用的包

pip freeze | tee requirements.txt   # 输出本地包环境至文件requirements.txt
pip install -r requirements.txt        # 根据文件进行包安装
pip freeze list                                #查看用pip安装的包：
conda list                                      #查看用conda安装的包：

4.Linux安装blast+及使用

参考教程：Linux安装blast+及使用 - 简书 (jianshu.com)
生信基础 | 使用BLAST进行序列比对 - 知乎 (zhihu.com)
linux BLAST序列比对 （nt/nr库） - 简书 (jianshu.com)

Index of /blast/executables/blast+/LATEST (nih.gov)

tar -zxvf ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz
md5sum -c ncbi-blast-2.13.0+-x64-linux.tar.gz.md5

export PATH=/home/songxh/software/ncbi-blast/ncbi-blast-2.13.0+/bin:$PATH
## 构建数据库
makeblastdb -in /home/songxh/Rwork/wsw/00ref/1270.build_all2.fa -dbtype nucl -parse_seqids -out /home/songxh/software/ncbi-blast/index
## 将核苷酸序列比对至核苷酸数据库
blastn -query sequence.fasta -db /home/songxh/software/ncbi-blast/shuiniuindex/index -evalue 1e-6 -outfmt 6 -num_threads 6 -out out

-query：进行检索的序列。
-db：使用的数据库。
-evalue：设置输出结果中的e-value阈值。e-value低于1e-5就可认为序列具有较高的同源性。
-outfmt：输出文件的格式，一般设置为6。
-num_threads：线程数。
-out：输出文件。
运行结束后，得到比对结果。