学习密码子偏好性的ENC-plot分析

https://www.jianshu.com/p/acb2736bccc2?tdsourcetag=s_pcqq_aiomsg

从这个网页来看,需要用R语言的ggplot2进行分析,因此,首先下载R,Rstudio,但是必须先安装Rstudio,然后从Rstudio提示的网址里安装R,两者才能互相关联使用,然后需要安装ggplot2,但是直接在Rsdudio里输入命令:install.packages( "ggplot2") 一直安装不成功,会报错,因此直接去R官网下载ggplot2安装包,然后进行本地安装,具体方法见网址:https://blog.csdn.net/zdx1996/article/details/86629965

然后进行绘图,代码如下:

> library(ggplot2)

> df<-read.table("clipboard",header = T)

> ENC<-function(x){return(2+x+29/(x^2+(1+x)^2))}

> x<-seq(0,1,by=0.005)

>y<-ENC(x)

> df1<-data.frame(A=x,B=y)

>ggplot(df1,aes(x=A,y=B))+geom_line(size=1)+geom_point(data=df,aes(x=GC3s,y=ENC))+xlim(0,1)+ylim(0,70)+labs(x="GC3s",y="ENC")+theme_bw()


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