callpeak
for i in {1..9}; do
macs2 callpeak \
-t "${align_dir}/RIP_${i}.sorted.bam" \
-c "${align_dir}/In_${i}.sorted.bam" \
-f BAMPE \
-g mm \
--lambda \ # 启用局部λ校正（默认）
--keep-dup all \
--bw 300 \ # 减小带宽
--nomodel \
-p 0.05 \ # 收紧p值阈值
--min-length 30 \ # 过滤短峰
--max-gap 20 \ # 减小合并间隔
--extsize 50 \ # 增加延伸长度
--shift -10 \ # 增大5'偏移
--fe-cutoff 2 \ # 过滤低Fold Enrichment峰
--bdg \
--SPMR \
--outdir "${peak_dir}" \
-n "RIP_${i}_peaks_enhanced" 2>&1 | tee "${peak_dir}/RIP_${i}_callpeak_enhanced.log"
done
