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获得本文所需软件：在生信星球公众号(文末有二维码)后台回复：”小分子结构"，包括chemdraw、openbabel、pymol打包发给你。
要做分子对接需要准备两个文件：蛋白质的结构坐标信息、小分子的结构坐标信息文件，格式是.pdb，这个格式的文件用三级结构可视化软件就可以读取和显示。
蛋白的结构坐标信息是从PDB数据库http://www.rcsb.org/中获得，或者自己进行三级结构预测，方法详见：https://www.jianshu.com/p/f4e37c62399b。
小分子的结构信息文件如何获得？
首先你要知道你的小分子中文名、英文名和CAS号，其中CAS号是唯一且确定的，用它来检索最有效。
查CAS号用这个网站：http://www.chemyq.com/，其实直接百度也行。
首页长的像谷歌，然而看下一页像不像膏药哈哈哈哈哈。他的作用就是你输入中文名可以查到CAS号。接着你就可以用这个CAS号去别的数据库找了。
从哪里找呢：
方法一：CAS号直接检索
最好用的当属pubchem：https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/5365872#section=3D-Conformer
还有chemspider：http://www.chemspider.com/Chemical-Structure.10947.html?rid=7a636e35-5283-484a-97e0-f556d928c8fa
方法二：从PDB数据库复合物中分离
从pdb数据库首页检索你的小分子CAS号，含有该配体的复合物，用pymol分离，方法详见：https://www.jianshu.com/p/ed3446ebd2e8
那么，自己合成的新型药物、新化合物，在数据库中肯定是没有的，那怎么获得呢？
比如你有一个长这样的化合物（我胡乱画的）：
解决办法就是自己画啊！用chemdraw（官网：http://www.chemdraw.com.cn/，可试用15天）
step1：用chemdraw画出平面结构
step2：平面结构转为三级结构
画好平面结构后直接edit-selectall-copy
然后打开chem-3D，直接粘贴
step3：导出三级结构的坐标文件
save as-选择 mol2或sdf，命名时不要省略后缀。
step4：sdf格式转化为pdb格式
神器openbabel！
然后来总结下：
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