写在前面
「育种」是目前大多关心的事情。杂交育种仍然是目前最为常用的育种手段。任何方法创新的优异材料，下一步都可能应用于杂交育种。反过来，「基因定位」则是基于杂交群体，开发分子标记，定位到关键性状的关联区间，并试图确定Casual Variants。两者都会涉及到两个亲本和他们的子代。当我们有两个亲本的基因组序列时，完全可以基于这两个序列，直接确定差异位点，进而相对有方向的设计引物，用于快速定位，更或者，鉴定杂种后代。相对于简单的单个物种基因组序列鉴定 SSR，随后设计引物。这一操作，显得更为高效且靠谱。
当然，事实上，这个需求黎老板早前也有与我提到，对应的，那么这个需求在「作物学」相关科研工作，必然是存在且重要。于是，有了今天这个插件「Genome VarScan」。
插件简介
「Genome VarScan」只需要用户输入两个基因组序列文件，设置一个输出目录，点击「Start」，等待即可。逻辑上，对于水稻，我这边只需要不到10分钟。
直接上示例
大概 10 分钟搞定。
输出文件如下
对于其中的
paf文件，可以直接用 TBtools 的 Paf Viz 功能查看
但是事实上，我会更关心下面这个文件
虽然比较大，但是信息比较全，默认输出是包括所有 SNP，考虑限制变异位点的宽度为大于0，也就是至少是1bp长度变化，那么就只有插入缺失。
可以看到这是一个大片段的缺失
当然，很多时候，我们最喜欢的还是大于30bp，但是又小于200bp的变异位点，那么我会建议，用这个
image.png
如此，我们会得到一个相对较小的文件。
当我们得到这个文件，那么其实接下来的事情就比较简单：
- 简单筛选一下，保留感兴趣的行
- 使用「Batch Target Region Primer Design」，使用参考基因组序列进行批量引物设计
- 使用「Primer Check」分别对两个物种进行批量引物筛选，找到材料内特异的位点
- 简单比较统一引物在不同材料中是否确实有长度差异
- 用于实验验证
- 用于选育种
大体如下，首先是批量引物设计
复制引物之后转换成 Fasta 格式，检测在一个材料中的特异性
可以同时检测在另一个材料中的特异性
一共是 5000对 引物左右，所以咱们就慢慢先等着结果。估计至少要等上一段时间吧。具体没测试。建议过夜培养。晚上没吃饭，刚才去吃了宵夜回来。没想到就过了12点。似乎还是跑了很久，必须过夜培养了。也罢，只选几个引物看看。
随便选两对引物，都可以直接用于跑标记....
写在最后
很多时候，你只需要知道自己在干什么就行。其他人常常只能看到他们能看到的东西，而你不一样。
