UALCAN (http://ualcan.path.uab.edu/index.html)是一个有效的癌症数据在线分析和挖掘的网站,主要是基于TCGA数据库中的相关癌症数据进行分析,它可以帮助医学科员人员对相关基因进行biomarker鉴定、表达谱分析,生存分析等等,还可以通过相关链接查询其他数据库中的相关信息。总而言之,是一款操作简单、快速有效的TCGA数据挖掘分析的网站工具。
基因整体表达热图
针对研究的癌症项目,可以查看整体的基因表达情况,譬如,通过网页Analysis 进入数据分析页面后,选择感兴趣的癌症类型(如下图),展示其基因表达热图。
网站将自动显示热图结果,在正常样本和癌症样本中,过表达和下调表达的将分开显示,其中第一页一般显示Top25,调整页面数,可以显示其他结果,同时使用者可以选择不同的图片保存格式(见下图)。
目标基因深度挖掘
在经过数据的初步分析和相关筛选之后,针对筛选出的目标基因进行表达鉴定、biomarker的鉴定、生存分析等等。例如此处选择一个目标基因ANLN(多基因以“,”分隔) 进行演示,在输入框中输入ANLN,并选择研究的癌症类型,点击Explore(见下图)。
针对输入的基因将跳转出相关可分析项目,以及基因在其他数据库中的信息链接等(见下图)。具体包括了表达分布、生成分析、相关性分析等等。
以前两者为例显示结果:
1、 expression
选择expression 后会进入对应的基因表达box分布图显示界面。网站将对表达分布结果进行统计分析。同时使用者可以选择不同的分布显示方式(见下图),图片同样可以下载保存。
2、survival
针对目标基因进行生成分析,选择survival进入分析结果显示界面,结果如下所示:网站将根据不同的分组方式计算和绘制生存曲线。
当然网站还提供其他的分析内容,感兴趣的同学可以学习使用,毕竟它实在是一个好用的TGCA数据挖掘网站!
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