这里不写SNPhylo具体安装过程，官网有详细教程,主要谈遇到问题及解决思路。
问题是，给出R package 安装目录那一步，无论是给出安装目录（R中利用library可调用安装的package）还是软件自动安装都会报错，着实折磨我一阵子。
刚开始解决就是反复安装R package，但是行不通（其实R package 已安装好，就是过不去setup.sh），后来查看软件安装代码setup.sh,有一步是检测R package是否安装的代码，既然已经安装R package，只是安装程序太固执,能力不够，检测不出来，所以，直接修改setup.sh，注释掉“check R package”那一步。
生信软件使用不友好，连安装也不友好。
