cellassign基于Marker基因信息将单细胞RNA测序获得的细胞分型匹配到已知细胞类型。与其他从单细胞RNA-seq数据中确定细胞类型的方法不同，cellassign不需要已经标记的单细胞或bulk数据，只需要知道每个给定的基因是否是某种细胞类型的marker就好。虽然GitHub有给教程，但是作者已经多年未更新，所以错误很多，GitHub链接: https://github.com/Irrationone/cellassign。
探索和踩坑多次，终于安装上这个R包了！！！
cellassign依赖于tensorflow环境，因此首先我们需要构建一个tensorflow的虚拟环境出来，做到R可以直接调用。
1. Windows安装cellassign（Rstudio）
1.1 官方安装方法及报错
install.packages("tensorflow")
tensorflow::install_tensorflow(extra_packages='tensorflow-probability', version = "2.13.1")
会出现缺少tensorflow虚拟环境的错误，我们查看R对install_tensorflow的介绍
为了方便，我们使用anaconda的环境，但是这个只适用于Mac，我们应该安装miniconda虚拟环境。
1.2 tensorflow虚拟环境的安装
我们首先安装reticulate的R包，然后安装miniconda虚拟环境，然后在miniconda的基础上安装python，然后再次尝试安装tensorflow虚拟环境，我这边使用默认路径
install.packages("reticulate")
reticulate::install_miniconda()
reticulate::install_python("3.9.12")
tensorflow::install_tensorflow(extra_packages='tensorflow-probability', version = "2.13.1")
1.3 安装cellassign
一把成功，然后我们再看看虚拟环境
tensorflow::tf_config()
devtools::install_github("Irrationone/cellassign")
正式安装cellassign，安装并加载成功！！！
2. Centos安装cellassign（shell）
2.1 报错
模仿Windows方法安装，会出现如下错误
2.2 安装Anaconda，cuda，cudnn，tensorRT
首先安装Anaconda, 我指定的路径是 /home/software/Anaconda
sh /home/software/Anaconda3-2023.09-0-Linux-x86_64.sh
conda update conda && conda update --all
conda install python=="3.9.18"
然后根据版本对应关系分别安装(指定路径即可， 版本对应关系在文末)
bazel-5.3.0-installer-linux-x86_64.sh
cuda_11.8.0_520.61.05_linux.run
cudnn-linux-x86_64-8.6.0.163_cuda11-archive.tar.xz
TensorRT-8.6.1.6.Linux.x86_64-gnu.cuda-11.8.tar.gz
修改~/.bashrc，然后source一下
添加这些库到系统库，然后运行 ldconfig 命令
vim /etc/ld.so.conf
ldconfig
2.3 tensorflow虚拟环境的安装
打开R界面，输入，此处需要较多时间
tensorflow::install_tensorflow(envname = "r-tensorflow", extra_packages = "tensorflow[and-cuda]", method = "conda", conda = "/home/software/Anaconda3/bin/conda", version = "2.12.0", python_version = "3.9.18")
然后退出R界面，继续安装tensorflow_probability
/home/software/Anaconda3/envs/r-tensorflow/bin/pip3 install tensorflow_probability==0.20.0
2.4 安装cellassign
打开R语言
devtools::install_github("Irrationone/cellassign")
安装成功，并加载时没有再报错！！！
附上tensorflow需要安装的软件及版本对应关系
如有侵权，请联系作者删除
