故事的主人公查理.高登(Charly Gorden),32岁，智商68。
查理虽然智力低下，但真诚善良，自力更生,并且还挺有追求。白天，查理在一家面包店里做清洁和搬运的工作，晚上他就去弱智培训班学习。
弱智培训班的老师是爱丽丝小姐，她很喜欢查理，因为查理可爱又努力。爱丽丝小姐告诉查理，只要他努力就会变聪明。查理的人生梦想就是有朝一日他可以变聪明，那样他就可以和面包店里的“好朋友”们聊那些他听不懂话题。
终于有一天，查理的努力有了“回报”。查理在经过一群科学家几轮筛选后，被选中参与一项“人为改变智商”的科研项目。同时参与这个项目的，还有一只叫阿尔吉农的小白鼠。
阿尔吉农已经先于查理完成了“变聪明”脑部手术，现在它是一只超级聪明的老鼠。它每天在破解完其它普通老鼠根本无法破解的谜宫后，快乐地进食。因为阿尔吉农的手术实验非常成功，科学家们信心百倍地给查理做了同样的手术。果然，手术取得了同样的成功，查理的人生第一次转机到来了。
手术恢复期过后，查理由一个傻子变成了一个正常人，他可以正常的读写，可以正常与人交流；他可以学会面包店里任何一部机器的操作，甚至对爱丽丝小姐萌生了特殊的情感，尝到了爱情的滋味。
随着时间一天天过去，查理的进步飞快，其实这时候已经不是进步了，而是智商止不住地一直升高。
原本查理只是想变聪明一点，能跟普通人讨论艺术政治经济这些话题，但现在他长期盘踞在大学图书馆里，读写能力已经到了一目十行过目不忘的地步，大学里各个学科的教授们尽量躲避与他交流的机会。
查理现在成了一个学识渊博绝顶聪明的人，他在研究了心理学之后，也意识到自己昔日的人生：曾经被父母嫌弃直至抛弃的童年；被同龄人霸凌的校园生活；还有那些面包店的“朋友们”，实际上是天天拿他恶作剧戏弄他的一帮人，拿他的蠢，他的傻，互相逗乐，但他却曾经以为那是朋友间的欢声笑语，跟着戏弄他的人一起笑。
查理也很清楚明白，以前的他以为自己有朋友，很欢乐，是因为他傻，现在不傻了，这些欢乐和朋友也不复存在，他也早已被面包店老板辞退了。
这时候的查理又回到了另类的边缘，因为能跟他聊新布尔函数或后现代符号逻辑等等话题的人真不多了。所有人在查理面前都显得很幼稚，包括这个项目的科学家们。并且，他与深爱的爱丽丝老师之间的鸿沟也越来越大。
查理陷入了另一种孤独和痛苦之中，虽然他的智商已经达到了185，但实际上和智商68的时候一样没法与人正常沟通。
但比起这些，还有更可怕的人生转折点在等待查理。
几个月后，小白鼠阿尔吉农在智商爆棚之后，出现了严重的后果，阿尔吉农的智力和健康快速衰退，衰退的速度甚至比增长速度还要明显。最后阿尔吉农在精神和肉体的双重折磨下，死去了。
这个现象引起了科学团队激烈争论，科学家们也不知道阿尔吉农的现象是只出现在动物上的个案，还是也会出现在人身上，也就是查理身上。
在科学家们一筹莫展的时候，查理主动要求参与到科学团队的研究中，因为这时候的他确实比所有科学家都聪明。
经过日以继夜的研究和计算，查理发现了“变聪明”手术中的bug,并写出了完整的论文报告——《阿尔吉农查理高登现象》。查理之所以争分夺秒地工作，因为此时他知道，自己剩下的时间不多了，很快他就会遭遇和阿尔吉农一样的下场。
如果说第一次人生转变，查理看清了过往和现实，是残酷；那么这次转变，查理预测了自己与阿尔吉农一样的命运，则是凄凉。
故事的结尾，也正如查理实验报告中的结论一样，查理又变傻了，甚至比从前更傻。查理隐隐约约记得自己曾作过什么对世界上所有傻子都有益的事情，可那件事情是什么呢？他已经想不起来了。。。
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