genes<-data$gene
head(genes)

图片.png

# clusterProfile包的bitr转化
library(clusterProfiler)
gene_an<-bitr(data$gene,
              fromType = "ENSEMBL",
               toType = c("ENTREZID","SYMBOL"),
              OrgDb = "org.Mm.eg.db")
##转化的gene_an为data.frame

图片.png

## 
library(org.Mm.eg.db)
library(AnnotationDbi)
gene_ann2<-mapIds(org.Mm.eg.db,
                  keys=genes, ##输入的ID
                  column ="SYMBOL",  #要转化为的类型，只能选1种
                  keytype ="ENSEMBL", ##输入ID的类型
                  multiVals = "first" # 多种转换结果选择第一个)
##  gene_ann2    为字符向量

图片.png

library(org.Mm.eg.db)
library(AnnotationDbi)
k<-keys(org.Mm.eg.db,keytype = "ENSEMBL")
##得到所有的ensembl_ID以及其对应的SYMBOL和ENTRZID
gene_list<-AnnotationDbi::select(org.Mm.eg.db,
                  keys=k, ##所有的ensembl_ID
                  columns = c("ENTREZID","SYMBOL"),#要转化为的类型
                   keytype="ENSEMBL")
## 在list的ENSEMBL中匹配我们要转化的ensemble_ID（其他类型类似）
gene_ann3<-gene_list[match(genes,gene_list[,"ENSEMBL"]),]
head(gene_ann3)    
temp2<-na.omit(gene_ann3) # 去除未注释到的genes

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# 方法同上，但是更为简单
gene_ann4<-AnnotationDbi::select(org.Mm.eg.db,
                                 keys=genes,
                                 columns = c("ENTREZID","SYMBOL"),
                                 keytype="ENSEMBL")