知识点
- 相关性分析，在表达差异分析之前，评断样本的重复性
- 分组：
+转录组测序： mRNA，samllRNA,Non_coding RNA - chip_seq 蛋白
- 参考基因组：文章里的出处
简书RNA_seq 流程
https://www.jianshu.com/p/a84cd44bac67
下载数据
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/search/all/?term=GSE63310
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?WebEnv=NCID_1_33633522_130.14.18.97_5555_1553481906_4058496066_0MetA0_S_HStore&query_key=1
prefetch下载数据加速软件:aspera 安装：https://www.jianshu.com/p/112412b8883c
RNA_seq 流程介绍
https://www.jianshu.com/p/426e2efd70fe
软件介绍
- conda 推文
- sra-tools
- fastqc
- trim-galore
reference
- star
- hisat2
bwa、hisat等五款软件建立索引 https://www.jianshu.com/p/071c1757ded1
有效比对RNA测序数据
id="SRR1039510"
hisat2 -p 2 -x /teach/database/index/hisat/hg38/genome \
-1 /trainee/vip23/analysis/raw_data/${id}_1.fastq.gz \
-2 /trainee/vip23/analysis/raw_data/${id}_2.fastq.gz \
| samtools sort -@ 2 -o ${id}.sort.bam - # 接收前面管道的缓存
- bowtie2
- subread
count 经常用来进行差异表达分析 - htseq
- cutadapt
- multiqc
- samtools
下载数据
- fa 要和 注释文件在同一网址，同一目录
问题：
测序时是互补的两条都测 ？
pE测序
reads在染色体上的密度分布
chip_seq reads分布在基因上游？
rMATS RNA_seq 可变剪辑分析软件
B站上的数据挖掘
