关于在服务器集群上,非root用户如何使用conda安装Hic-Pro.
首先,要先安装有合适的安装包,去到 https://github.com/nservant/HiC-Pro 右侧 https://github.com/nservant/HiC-Pro/releases 可以提供更多版本。
可以直接下载通过:
git clone https://github.com/nservant/HiC-Pro.git
此时无需解压缩可直接进入
cd HiC-Pro/
此时需要先进行conda环境的构建,虽然Github上作者建议使用miniconda,实际上anaconda2/3都可以,笔者使用的是anaconda2版本,
conda env create -f MY_INSTALL_PATH/HiC-Pro/environment.yml -p WHERE_TO_INSTALL_MY_ENV -n Name
注意:在这里应该加入-n选项方便后续激活conda环境。
安装成功以后即可进入conda环境
conda activate Name
进入环境后,找到MY_INSTALL_PATH/HiC-Pro/ 文件夹下config-install.txt
vim config-install.txt 按照需要的条目填写绝对路径,最后一行表示提交任务系统,可以搜索合适的填写。注意:一定要在打开conda环境下使用 which,例如,which R;
填写完毕后,保存config-install.txt,返回
make configure
make
