可怜的萤火虫，宛如烛，还未等到天亮，便早已殆尽，那漆黑宁静的夜，就是它的墓，它的归宿。独自在夜中寻找着光墓。
处于平凡的清太一家，因为美军三百五十架B—29轰炸机的轰炸，清太失去了母亲，父亲战死，与妹妹节子相依为命。只好去寡妇家中居住，而罹灾者特别配给却被寡妇强占，母亲的和服亦被寡妇换回一斗大米，后被强占。寡妇见他们无再有利用价值，便欲将它们赶走，最后在寡妇家彻底待不下去了
无处可居的清太与节子，只好到了防空洞里，虽然早已习惯了灯火管制，可坑道中的黑暗正如所谓的黑铁桶一般。睡不着，便去捉萤火虫，希望蚊帐里亮一些。可到了天亮，萤火虫死了一半，节子就为萤火虫造了墓。
可到了七月末，节子营养失调，又患上了疥癣，清太为了给节子补充营养，被农家抓个正着，只好在战争警报时，当别人在躲避战乱时，冒险偷起了东西。可因仍无法为节子补充营养，不久节子便死了。
清太将节子的骨殖和萤火虫一同放进水果糖罐里，认为唯有这样，节子才不会感到孤独。节子逝世后，清太便失去了精神支柱，变得异常绝望。
不久后，清太也在八月二十二日死去，终究等不到九月二十日颁布《战时孤儿保护对策纲要》那一天的来临。
九月二十一日，横死在三宫车站内的清太，跟其他二三十个流浪儿的尸体一道，在布引出的寺庙中被付之一炬，遗骨作为无人认领者安置在纳骨室内。
但装有节子骨殖和萤火虫的水果糖罐却被别人扔在了角落。那盖子摔开了，白色的粉末抛撒出来，还掉下来三块小小的骨头碎片，栖宿在草丛里的萤火虫收到了惊吓，闪烁着，慌慌张张地飞来飞去，不久又越入黑暗之中。
战争对人类来说是痛苦，造就了无数的生死。在战争后，人们往往会因为资源不足而引起争端，尽显出人类的丑恶，成人还好，能够成为劳动力；老人也罢，反正也剩不了多少年能活；而孩子却不同，刚刚出现在人间，却又要离去，无法阻止。真是天使，还未堕落，便早已离去，无法阻止，卯无力还击。
为了苟活生存，人们草芥人命，没有人同情、关爱孤儿，让他们自生自灭，甚至唾弃、厌恶他们，因为人们不曾想过或从未想过：当自己是这孩子时，自己将会有多么无力、绝望。《战时孤儿保护对策纲要》也发布得不及时，它在孩子尽数消亡之时降临，挽救了那几位岌岌可危的孩子。
战胜国对于战败国总是随意地瓜分和掠夺，寡妇和清太与节子便是如此，后者无力反驳与阻止前者的过错。剥夺与消亡无时不刻的存在。
萤烛是用生命点燃的生命之光，宛如我们看到的希望，可生命就是这样充满幻觉，始终有希望，可终究无望。
不知清太与节子是否变成萤火虫，飞向上帝，痛诉人类的罪行……
