microRNA数据库之mirDIP

microRNA又称miRNA,长度约为21-25nt,主要功能是RNA沉默和基因表达的转录后调控。这里我给大家介绍一个microRNA的数据库,mirDIP。需要注意的是,这个数据库中只有人类的mirRNA数据。

官网: http://ophid.utoronto.ca/mirDIP/index.jsp

首先,我们看一下数据库的主页,整个数据库的架构还是很清楚的。主页分为三块:

  1. 标题,mirDIP的完整名称,microRNA Data Integration Portal,很清楚的告诉我们这个是一个整合数据库。
  2. 工具栏,分为Unidirectional search、Bidirectional search等等,下面我们会一一介绍。
  3. 搜索栏,上半部分是搜索框,下半部分是搜索的选项。
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Unidirectional search

单向搜索,即每次只能搜索基因或者microRNA

这里,我们利用示例,先搜索与示例中的几个基因有关的microRNA。结果部分既提供了找到的与某个基因有关的microRNA(第五列),还有该基因相关信息的外部链接(第一列),第六列则说明在mirDIP整合的30个数据库中,有多少数据库能查到这个基因与某个microRNA具有相互作用。
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同样,我们以示例中的microRNA来查找,
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Bidirectional search

双向搜索,同时提供基因列表和miRNA列表,寻找重叠的相互作用

还是同样,利用示例进行学习。
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miRNA-gene matrix

得到基因列表与所有相关miRNA构成的矩阵。

点击miRNA-gene matrix,出现下拉菜单,里面有两个选项,『Search gene symbols』和『Search miRNAs』
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首先,我们选择Search gene symbols
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然后,选择Search miRNAs
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Statistics

数据库统计信息

点击statistics,可以看到mirDIP整合的数据来源。
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Downloads

下载

点击Downloads,需要提交申请。
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至于工具栏后面的三个就没什么意义了。


以上就是mirDIP数据库的用法,最后我给大家留个小练习

搜索TP53、BRCA2、APP三个基因的相关miRNA

我的微信公众号是『生信family』,如果大家觉得我写的不错的话,点一波关注啊~~~

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