孙恩兵败自杀后，剩余的部众又推举孙恩的妹夫卢循为首领，继续在东南沿海骚乱。
卢循是东汉名儒卢植之后，这个卢植可是个了不得的人物，刘备就是他门下的弟子之一。卢循虽然出身北方高门范阳卢氏，但其家族在永嘉之乱后留在了北方，直至东晋中期才南渡，所以并未得志。
当时当政的桓玄为了安抚经过三年战乱的三吴地区，于是任命卢循为永嘉太守。卢循虽然接受了任命，成为朝廷官员，却依然为非作歹、行劫施暴。
卢循派他的姐夫徐道覆侵犯东阳，被刘裕击败。刘裕在永嘉又打败了卢循，一直追到晋安，并多次获胜，卢循只得沿着海向南逃走。
第二年，卢循到达南海郡登陆进攻番禺，广州刺史吴隐之抵抗防守了一百多天。十月初九，因卢循夜袭该城而失陷。卢循进城后焚烧府舍及民居，抓住了吴隐之，然后自称平南将军兼理广州事务，又派徐道覆攻下了始兴郡。
卢循随后派遣使节前来建康进贡，这时，东晋朝廷刚刚消灭了桓氏的残余势力，无力去征讨他们，于是分别将卢循任命为广州刺史，徐道覆任命为始兴相。卢循赠送给刘裕益智粽答谢，刘裕也回赠给他续命汤。
随后，卢循任命前琅琊内史王诞（王导曾孙）为平南长史，王诞游说卢循道：“我本来不是军旅出身，留在你这里也没有什么用处，我一向被刘镇军所厚爱，如果能够回到北方去的话，一定会得到他的委派重用，这样，不管是为公为私，遇到机会，我一定要报答您的厚恩。”
卢循被他说动了，这时刘裕写给卢循一封信，让他将吴隐之派回去，卢循不肯听从。王诞又对卢循说：“将军这次扣留吴公，对公对私都不是好计策，当年孙权难道不想扣留华歆？只是一个地方不能容下两个君主罢了。”于是，卢循派吴隐之和王诞一起回去了。
几年后，刘裕亲率大军北伐南燕，徐道覆听说后，便来劝说卢循乘东晋空虚之时袭击建康，卢循没有听从。徐道覆不死心，又一次来到番禺，向卢循游说道：“我们现在住在这五岭以南的地区，难道你还以为是理该如此，并且可以把它传给子孙吗？我们正是因为刘裕力量强大，很难跟他为敌才这样的。现在刘裕的大军集结在燕国坚固的城池之下，什么时候回来还说不定，我们用手下这些希望回到故乡敢于拼命的士兵，突然去袭击何无忌、刘毅这些小辈，易如反掌。不趁这个时机起事，只是一味地追求平安，朝廷却一直把您当做心腹大患。如果刘裕平定三齐地区以后，让军队休息个一二年，再用诏书征召您进京，随后刘裕可以亲自在豫章屯兵，并派遣几个将领率部队翻过五岭，到那时，即使将军再有神机勇武，恐怕也不能抵挡了。今天这个机会，是万万不可错过的。如果我们抢先攻克了建康，把他们的根基全部摧毁，刘裕即使回来，也没有什么办法了。您如果不同意，我就要自己率领始兴的兵众直接进攻寻阳。”
卢循非常不愿意起事，但又没有说服徐道覆的办法，思来想去，只好同意了他的意见。
徐道覆在做始兴相期间，一直派人到南康山中去砍伐制造船只的木材，然后运送到始兴廉价出售，居民们都争相购买，因而造船的木材虽然堆积得到处都是，但是却没有引起别人的怀疑。到了这个时候，他把这些木材全部聚集到一起制造船只，十天左右就全办成了。
卢循于是从始兴出发进犯长沙，徐道覆进犯南康、庐陵、豫州，这些地方的官员都弃城而逃。徐道覆顺着赣江直下，他的军队船只器械异常强盛，这时，攻克南燕的消息还没有传回朝廷，所以朝廷紧急征召刘裕回京。
刘裕此时正在广固城讨论是否留下来镇守下邳，整顿处理司、雍二州的事务，接到皇帝的紧急诏书，于是任命韩范为都督八郡军事、燕郡太守，任命封融为渤海太守，檀韶为琅琊太守，然后带兵南归。后来，刘穆之以韩范、封融阴谋反叛为借口，把他们全杀了。
安成忠肃公何无忌准备从寻阳带兵出发去迎击卢循，长史邓潜之劝阻说：“国家的安危存亡，就在于您这次的行动了。听说卢循军队的船只设备精良，气势盛大，又位于赣江的上游，所以我们应该挖开南塘的堤坝，使赣江水位下降，然后坚守豫章、寻阳两座城，等待他们。他们一定不敢绕过我们不管，径自向更远的地方进发。我们正好积蓄力量，养精蓄锐，等待他们疲惫不堪之后，再发动进攻，这是万全之策。现在，您打算以一战决胜负，万一我们失利，后悔也就来不及了。”
参军殷阐也劝道：“卢循所带领的部队都是三吴一带过去的强盗，身经百战，颇有勇力，他们后来在始兴招募的溪族士兵，也都力大敏捷，善于争斗，不应该轻视他们。将军应该留在豫章屯守，征召兵丁集中到这里，等各路大军到齐之后，再一起出战，也不算太晚。如果仅仅依靠现有的这些军队轻易前进的话，恐怕将来您一定会后悔的。”
何无忌哪里肯听，亲自率军与徐道覆的军队在豫章遭遇。徐道覆命令几百名强弩手爬上西岸的小山腰射击东晋部队，正好赶上西风骤起，把何无忌所乘坐的船吹向东岸。
贼兵又乘风用大船紧逼，东晋军卒纷纷奔逃溃散，何无忌厉声高喊：“拿我的苏武节过来！”苏武节送来后，他拿着此节亲自督战。敌兵越来越多，像黑云一样包抄过来，何无忌的言辞神色仍然毫不气馁，最后手持苏武节战死。
何无忌战死的消息，使东晋朝廷内外震骇惊恐，朝会的时候，有人提议保护着晋安帝向北撤退，去投奔刘裕，后来知道敌兵还没有到来，这才停止。
刘裕到达下邳后，用船只装载军事物资，自己统率精锐部队步行赶回。到达山阳的时候，听说何无忌兵败战死的消息，担心都城已经陷落，刘裕下令军士脱去铠甲急行军，自己先与几十个人赶到长江北岸，向过路人打听朝廷的消息。
过路人说：“敌人还没有到这里，刘公如果回来了，便没有什么值得忧虑的了。”刘裕听闻非常高兴。
他想要渡江，但是风太大，众人都说太难，刘裕说：“如果天公有意帮助我们国家的话，风就该自动停止，如果不是这样，翻船淹死了又怎么样呢？”便命令上船，船刚刚启动，风果然就停了。
刘裕渡过长江之后，抵达京口，大家见他回来，于是彻底安下心来，诸葛长民、刘藩、刘道怜等人也分别带领部队来到建康防卫。
