Blast

21_6-Blast

  1. 预编译安装Blast
    tar zvxf /disk1/shares/ncbi-blast-2.10.1+-x64-linux.tar.gz -C ~/Biosofts/
    cd Biosofts/ncbi-blast-2.10.1+/bin
    ./blastn -h
    echo 'export PATH=~/Biosofts/ncbi-blast-2.10.1+/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
    source ~/.bashrc
    blastn -h
  1. 格式化本地数据库
makeblastdb -in ~/Spades_out/contigs.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -hash_index -out PCC7942_nucl

makeblastdb -in /disk1/shares/Seqs/draft_genome/1140.51.contigs.fa -dbtype nucl -parse_seqids -hash_index -out PCC7942_nucl

blastn -query /disk1/shares/Seqs/test_query.fna -db PCC7942_nucl -evalue 1e-5 -out blast_out_dna.txt -outfmt 6 -num_alignments 10 -num_threads 1

less blast_out_dna.txt

makeblastdb -in /disk1/shares/Seqs/draft_genome/1140.51.faa -dbtype prot -parse_seqids -hash_index -out PCC7942_prot

blastp -query /disk1/shares/Seqs/test_pro_query.faa -db PCC7942_prot -evalue 1e-3 -out blast_out_pro.txt -outfmt 6 -num_alignments 10 -num_threads 1

less blast_out_pro.txt

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