文件的可执行属性和环境变量
Linux下文件有一个特殊的属性即可执行属性，用来指示这个文件是一个可执行的脚本或可以运行的二进制文件。前面所提到的这些命令，都具有可执行属性。which:表示查看命令的路径。一般用于当我们想知道使用的命令来源于什么地方时，比如安装了多个R或多个python，但又分不清用的是哪个时，which一下，立即明了。在这儿我们用which获取的是可执行的命令所在的路径，进而查看其属性。
ct@iZ8vb3e9jtel4m99ss6e7eZ:~$ ls -l"`which cd`"
#rwx:文件所有者可读、可写、可执行
#r-x:文件所有者所在组其它成员可读、可执行，不可修改
#r-x:其它人可读、可执行，不可修改
-rwxr-xr-x 1 root root 26 12月7 2016 /usr/bin/cd
ct@iZ8vb3e9jtel4m99ss6e7eZ:~$ ls -l"`which mkdir`"
-rwxr-xr-x. 1 root root 79768 11月6 2016 /usr/bin/mkdir
ct@iZ8vb3e9jtel4m99ss6e7eZ:~$ ls -l"`which python`"
#l:代表软连接
#软连接自身是所有人可读可写，但具体的权限依赖于其链接的文件
lrwxrwxrwx. 1 root root 7 3月22 15:04 /usr/bin/python-> python2
ct@iZ8vb3e9jtel4m99ss6e7eZ:~$ ls -l"`which python2`"
#第二层链接
lrwxrwxrwx. 1 root root 9 3月22 15:04 /usr/bin/python2-> python2.7
#链接的原始文件
ct@iZ8vb3e9jtel4m99ss6e7eZ:~$ ls -l"`which python2.7`"
-rwxr-xr-x. 1 root root 7136 11月6 2016 /usr/bin/python2.7
文件属性rwx中r表示read (数字表示为4)、w表示write (数字表示为2)、x表示执行(数字表示为1)。三个未一组，连续出现三次(如下面命令行中所示),第一组表示文件的所有者拥有的权限，第二组为文件所有者所在的用户组所拥有的权限，组内所有成员都具有的权限，第三组为其它用户的权限。chmod a+x file:表示给文件增加所有人(a)可执行权限(+x)chmod u+x file:表示给文件增加所有者(u，user，)可执行权限(+x)chmod g+x, chmod o+X:表示给文件增加组内人或其它人可执行权限chmod 755 file:表示拥有者有可读写执行权限，其它人有可读执行权限。(7=4+2+1; 5=4+1)
具体使用man chmod查看其它参数使用。
#新建个文件
ct@iZ8vb3e9jtel4m99ss6e7eZ:~$ cat<run.sh
> echo " I am a script created byehbio."
> END
#查看其权限值
ct@iZ8vb3e9jtel4m99ss6e7eZ:~$ ls -l run.sh
-rw-rw-r-- 1 ct ct 39 6月14 23:12 run.sh
#更改权限值
ct@iZ8vb3e9jtel4m99ss6e7eZ:~$ chmod 755run.sh
#查看其权限值
#注意多了3个x
ct@iZ8vb3e9jtel4m99ss6e7eZ:~$ ls -l run.sh
-rwxr-xr-x 1 ct ct 39 6月14 23:12 run.sh
#去除其它用户的可执行权限
ct@iZ8vb3e9jtel4m99ss6e7eZ:~$ chmod o-xrun.sh
#注意看少了个x
ct@iZ8vb3e9jtel4m99ss6e7eZ:~$ ls -l run.sh
-rwxr-xr-- 1 ct ct 39 6月14 23:12 run.sh
#去除同组的可执行权限
ct@iZ8vb3e9jtel4m99ss6e7eZ:~$ chmod g-xrun.sh
#注意看又少了个x
ct@iZ8vb3e9jtel4m99ss6e7eZ:~$ ls -l run.sh
-rwxr--r-- 1 ct ct 39 6月14 23:12 run.sh
#去除所有人的可执行权限
ct@iZ8vb3e9jtel4m99ss6e7eZ:~$ chmod a-xrun.sh
ct@iZ8vb3e9jtel4m99ss6e7eZ:~$ ls -l run.sh
-rw-r--r-- 1 ct ct 39 6月14 23:12 run.sh
#给所有人增加可执行权限
ct@iZ8vb3e9jtel4m99ss6e7eZ:~$ chmod a+xrun.sh
ct@iZ8vb3e9jtel4m99ss6e7eZ:~$ ls -l run.sh
-rwxr-xr-x 1 ct ct 39 6月14 23:12 run.sh
如果一个文件有了可执行权限，是不是就可以执行了，我们来检测下。
ct@iZ8vb3e9jtel4m99ss6e7eZ:~$ run.sh
-bash: run.sh:未找到命令
事实上并非如此，输入命令，回车后，提示命令未找打，这是为什么呢？
这就涉及到环境变量的概念，通俗的讲，环境变量就是告诉电脑(实际是操作系统)几个目录。这几个目录下存储又可执行文件，如前面显示的/usr/bin目录，大部分的系统命令都在这个目录下。
当我们输入命令mkdir时，系统就会在环境变量所代表的几个目录从前都厚去查找，哪个里面有mkdir文件，然后去执行mkdir命令。
系统中环境变量的名字是PATH，其内容可通过下面的命令显示(根据操作系统不同和配置不同，略有差别，但格式是统一的，:分割的一堆路径)：
ct@iZ8vb3e9jtel4m99ss6e7eZ:~$ echo $PATH
/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin
所以如果我们想让自己的命令能被系统找到，就需要把命令所在的目录加到环境变量里面，怎么操作呢？
加到环境变量的路径必须是全路径，全路径指以/开头或已~开头的路径。
#加到环境变量的路径必须是全路径，全路径指以/开头或已~开头的路径
#注意第一个PATH不含$,第二个PATH有$符号
#我们后面会讲什么时候用$,什么时候不用$
ct@iZ8vb3e9jtel4m99ss6e7eZ:~$ exportPATH=$PATH:/home/ct
ct@iZ8vb3e9jtel4m99ss6e7eZ:~$ echo $PATH
/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/home/ct
这时，我们在执行那个命令试试，成功运行了。
ct@iZ8vb3e9jtel4m99ss6e7eZ:~$ run.sh
I am a script created by ehbio.
所以在以后安装了新的软件，或者写了新的脚本后，都把软件的可执行程序和可执行的脚本所在的目录，加到环境变量里面就可以了。
但是，在命令行中执行export，对环境变量所做的修改，只对当前终端有效，退出后就无效了。为了使得这一操作，长期有效，我们需要把这句话写入一个文件中，一个登陆服务器就会被自动读取的文件中。
对于普通用户，在远程登录终端时，家目录下的~/.bash_profile (不是~/.bashrc,在本地登录时才会被读取)会自动被读取，所以我们需要把export语句加入到这个文件中。
#这是我的~/.bash_profile中的内容，主要是最好一行。可以连续的加入多个路径。
if [ -f ~/.bashrc ]; then
.~/.bashrc
fi
if [ -f ~/.bash_aliases ]; then
.~/.bash_aliases
fi
exportPATH=$PATH:/home/ct:/home/bin:/home/soft/bowtie2/bin
前面提到，系统查找命令的顺序是从环境变量的第一个目录到最后一个目录，在第一次碰到查询的命令后，就调用执行。假如系统存在一个python命令，我们自己又安装了一个python (假如在/home/ct/anaconda/bin目录下)，如果我们想执行自己的python程序，就需要把/home/ct/anaconda/bin写在$PATH前面，如下
#注意$PATH的顺序
ct@iZ8vb3e9jtel4m99ss6e7eZ:~$ exportPATH=/home/ct/anaconda/bin:$PATH
至此，我们可以熟练使用环境变量来简化命令的输入过程了，因为如果没有环境变量，我们就得需要运行/home/ct/anaconda/bin/python来运行python命令了。
环境变量这块，自己多操作下，就会慢慢理解熟练了。
环境变量的补充
PATH只是众多环境变量中的一个变量，用于存储可执行文件所在的目录，以便在用户输入命令时可以查询的到。尤其是自己写的脚本或安装的程序，系统不会知道它们在哪个路径下，需要我们去提供给系统这些新的路径，学名叫设置环境变量。
此外常用到的环境变量还有LD_LIBARY_PATH:指定动态链接库(so文件)的位置，一般在安装软件出错时会用到；PYTHONPATH:指定Python的安装包的路径；PERL5LIB:指定perl的安装包的路径。
设置环境变量要注意2点：1.设置新的环境变量时一般要包含原始的环境变量，不能覆盖；2.注意自己的目录和系统环境变量的目录的顺序，想让哪个先被找到，就先放哪个。
http://mp.weixin.qq.com/s/Rw6ivF_qBPCWiiGL7lxc_g
