徐阶是懂张居正的那个人，也是欣赏他才华的人，所以，他不遗余力的提携张居正。在嘉靖四十三年，他做了裕王府的日讲官，这为他后来进官大学士打下了基础。裕王就是后来继任嘉靖的皇帝穆宗。

嘉靖四十一年的时候，严世蕃被充军边关，但是还没被杀。四十三年的时候，御史又弹劾严嵩父子的罪状，希望嘉靖皇帝能够判他们死刑，于是严世蕃又被抓进监狱里面了。嘉靖四十四年，三司会审。严世蕃心中还是十分平静的，他对别人说，任他燎原火，我自有倒海水。他是怎么想的？那么多罪，不可能不认，他只认受贿。至于其他的坑害其他的大臣，他是不认的，最后杀这些大臣，不还是嘉靖皇帝下的圣旨吗？认罪岂不是说皇帝错了？所以皇帝应该不会杀他的。

严世蕃这个人，智商情商都很高，严嵩势力那么大，他有一大部分功劳，在做官这一块，严嵩甚至自己都觉得自己比不上自己的儿子。但是严世蕃虽然智商高，但是他低估了别人的智商，比如说徐阶。徐阶可以称的上是老成谋国，城府极深，喜怒不形于色。作为大明朝最狡猾的老狐狸，严世蕃在他眼里就是个菜鸟，演技拙劣。严世蕃能想到的，徐阶早就想到了。等他看到了几位御史的弹劾的奏章，把他们叫到一块，问他们，“你们是想严世蕃死还是活？”御史们都愣了，说当然是想让他死。徐阶就开始点拨了，说，杀杨继盛，虽然犯了众怒，但是，他是奉了圣旨的，如果说这条罪状成立，岂不是说皇帝错了?皇帝怎么能错呢？皇帝永远都是对的。你们这样写，严世蕃肯定是死不了的。御史们都傻了。这怎么办呢？徐阶给他们指点了一下，就说严世蕃"交通倭寇，潜谋叛逆"。只此一条，严世蕃就死定了。果然，嘉靖下旨，杀严世蕃，严嵩抄家，抄家得银二百万两，相当于明朝一年的财政收入。

嘉靖王朝的最后几年，皇帝一心修玄，不谈国事。国事都交付给了徐阶。徐阶这个人贼圆滑，他哄嘉靖一套一套的，嘉靖很是信任他，处理国事又非常的厉害，他在扳倒严嵩继任首辅之后，为了不成为严嵩一样的人，在自己的办公室的墙上写了一个条幅，表明自己的心迹：

“以威福还主上，以政务还诸司，以用舍刑赏还诸公论”。

这话意思就是说，我要拨乱反正，把威望还给皇帝，把政务还给各个部门，把赏罚还给公论人心。此后嘉靖朝剩下的年月中，徐阶作为大明帝国内阁首辅，一心处理政事，做自己的贤相。那个时候，嘉靖皇帝已经老了，他自己信道教几十年，这个时候开始念叨如何长生了。他只管长生，国家大事不管了，都撇给内阁了。他这种撂挑子的行为触怒了一代清官海瑞。海瑞看不下去了，这皇帝真他么不靠谱，不行，作为大明朝有名的硬骨头，大喷子，我得说两句。于是，就在嘉靖四十五年，嘉靖皇帝最后的一个年头的二月，他给自己买了副棺材，然后给嘉靖上了一道疏，这就是著名的《直言天下第一事疏》，也称为《治安疏》。其中有这么几句：

陛下诚知玄修无益，臣之改行，民之效尤，天下之安与不安、治与不治由之，幡然悟悔，日视正朝，与宰辅、九卿、侍从、言官讲求天下利害，洗数十年君道之误，置其身于尧、舜、禹、汤、文、武之上，使其臣亦得洗数十年阿君之耻，置其身于皋陶、伊、傅之列，相为后先，明良喜起，都俞吁咈.

还说：

此则在陛下一振作间而已。一振作而诸废具举，百弊铲绝，唐、虞三代之治粲然复兴矣，而陛下何不行之？

又说：

道与天通，命由我立，而陛下性分中自有真寿矣。此理之所有者，可旋至而立有效者也。若夫服食不终之药，遥望轻举，理之所无者也。理之所无，而切切然散爵禄，竦精神，玄修求之，悬思凿想，系风捕影，终其身如斯而已矣，求之其可得乎？

这道疏把嘉靖皇帝差点直接气死，说我求长生药是捕风捉影，你是想造反吗?他把奏疏扔在地上，跟太监说，赶紧把这货给我抓住了，别让他跑了。太监黄锦跟嘉靖皇帝说，别人能跑，这人是不会跑的，然后把海瑞买棺材的事儿跟他说了。嘉靖皇帝默默不语，从地上把奏疏捡起来，读了一遍又一遍，最后长叹一声，说道，“我虽然不是纣王，但是他，可以和比干相比了”。

就在这一年的十二月，嘉靖皇帝没有熬过这个冬天，就这么去了。徐阶的政治智慧在这个时候体现出来了，立刻和张居正两个人商量了一下，矫诏，也就是假传圣旨，以遗诏方式把嘉靖朝所有的弊端都要清扫除掉。斋蘸是一件，土木是一件，求珠宝、营织作也算一件，这些都通过遗诏的方式下令停止，然后把嘉靖皇朝因为“大礼”“大狱”两件事那些罢官的大臣都复官了。

徐阶通过遗诏的方式，给自己刷了一大把的好感，刷了一大笔政绩。但是，有一句话他忘了，就是好处不能一个人得，得分点给同事啊，你天天吃香喝辣得，同事喝清水，这种事容易让别人记恨啊。所以他就被人记恨了，谁?那就是高拱，他感到了徐阶对他得无视，对于这种落差，他从愤怒逐渐演变成了怨恨，终于在穆宗朝引发了内阁得纷争。