MES系统集信息技术与先进的管理思想于一身，成为现代企业的运行模式，反映时代对企业合理调配资源、最大化地创造社会财富的要求，成为企业在信息时代生存、发展的基石。但由于 MES系统 并不是简单的应用软件，企业往往需要一段时间修改、适应，才能更好地融入到日常业务的运作当中，这需要很长一段时间的磨合期，因此多数的MES系统仍需要用户个人进行MES系统的安装维护实施。这不仅增加了IT成本的投入，也会使得MES系统推广受阻。
在这种情况下，云计算MES越来越受企业欢迎。云计算MES让用户可以随时使用，随时扩展，用户不需要支付软件许可费用，只需支付服务器、网络等租用的费用。对于用户而言，云计算MES提升了用户使用自由度，让开源MES在互联网时代有了更实际的意义。具体而言，云计算模式为MES系统的发展带来以下优势：
1)屏蔽底层环境。对于MES系统服务提供商以及最终用户来说，底层的大多数硬件环境、软件环境都由云计算服务商提供，而软件服务商只需要支付服务费用，不需要操心硬件的扩充与维护，降低了硬件投入成本。
2)保障双方权利。云计算的模式避免了MES系统的盗版问题。通过对系统的设计，可增加互动交流平台，便于MES系统服务商根据用户的需求维护、升级自己的产品，更加高效地为用户提供服务。同时，由于成本的降低，MES系统服务商也可通过免费开放系统，只收取服务费，打破传统的经营理念。
3)更加安全可靠。由于云计算服务提供商拥有庞大的云(计算资源)支持，即使有部分云出现故障，也不会影响到全局，不会导致用户无法使用资源。另外，专业的云计算提供商由于长期从事相关资源的维护保障工作，积累了大量经验，在安保障方面会更加专业，减少了由于安全问题给用户带来的损失。
4)便于深度分析。云计算的优势在于处理海髓的数据与信息。通过对不同用户可公开数据资源的深度分析与挖掘，为用户提供更加广泛的附加服务。这一点应该是云计算完全不同于现行MES模式的一个创新点，这一优势的合理利用将给服务商带来无限机会，给用户带来意想不到的收获。
当然，在现行的架构下，MES系统的云计算模式也存在着一些不足：
1)通讯设施的依赖。现行的模式主要依靠通讯网络为基础，一旦网络发生大面积故障时，系统将无法正常的工作。
2)用户数据私有性的保证。由于MES系统一般涉及一个企业内部运作的大量数据以及商业秘密。如何保障企业的核心机密私有性对于云计算的模式发展是一个具有相当挑战性的课题。涉及到制度、法律保障、模型安全设计等等多方面的因素。
由于MES系统与云计算模式都处在发展阶段，尤其是云计算模式现在仍然处于最初级的阶段。虽然已经有部分服务商注意到了云计算模式下的MES系统的潜力所在，开始提供相关的服务，但仍处于摸索阶段。因此，MES的云计算模式需要一段相当长的发展与改进过程。
