西汉建元六年（公元前135年），山东曲阜孔府发生了一件蹊跷事。当时西汉鲁地分封的诸侯王鲁共王叫刘馀。刘馀为了修自己的王宫，“强拆”孔府旧宅。拆到一处貌似书房的墙壁，发现里面藏了一批文献，其中就有《尚书》。据说当时强拆现场传出了鼎乐之声，吓得鲁共王不敢强拆了。

鲁府墙壁发现的《尚书》版本，据说是用秦以前的古文字蝌蚪文书写的。为了区别伏生的《尚书》——这是用当时汉朝通用的文字记录的，叫做“今文尚书”，这个版本被称为“古文尚书”，比《今文尚书》多出了16篇。
古文尚书本，据说是孔子后裔孔安国做了解读；孔安国的后人献给了朝廷。孔安国，字子国，鲁国人，孔丘十世孙，孔滕字子襄之孙，孔忠字子贞之子，孔安国擅长经学，汉武帝时任博士，后为谏大夫，官至临淮太守。孔安国是司马迁的古文经学老师，司马迁的今文经学老师是董仲舒。但孔安国的这个本子被扔在西汉的石渠阁，石渠阁位于西安市未央区，是西汉时期的国家图书馆，当时共藏有13269卷各类书籍，司马迁编写《史记》一书时参考的史料主要来自石渠阁和天禄阁。
后来有人说，因为孔安国被卷进了汉武帝晚年的“巫蛊之乱”，所以孔版尚书不被重视；但据史籍记载，孔安国并没有活到那个时候，所以古文尚书不受重视的原因，或许只是因为当时没有人感兴趣而已。因为到了那个时候，尚书的传承，讲究家法，与权力、利益挂钩。当时西汉朝廷主政的，都是今文学派的人。
西汉末年，天禄阁秘书刘歆发现了这本书，认为《古文尚书》有价值，要求立在太学，为此写了一篇著名的文章，叫《移让太常博士书》，为此引发了一场绵延不绝的“今古文之争”。
当初伏生传下来的尚书，是用当时通行的隶书写的；而刘歆拿到的从孔壁发现的尚书，是用古代的文字写的，为了区别，把这批尚书命名为“古文尚书”，伏生传下来的，叫“今文尚书”。
今古文经学的差异不光在于文字，关键是今文尚书学派做学问的方法不同。
汉朝人认为五经里面有孔子的微言大义、治国方针，所以学者就认真分析，免不了牵强附会、为我所用、烦言碎辞。学者学一辈子都搞不清一本经典，根本无法达到用日少而畜德多，以对百姓进行道德教化的目的，因此刘歆要求存其大体、玩经文而已，尽快结束那种一经说至百余万言的烦琐的章句学风。
刘歆还对今文经学的以家法传授的弊端进行了指责，认为他们信口说而背传记，是末师而非往古 ，他们这样做无非是要达到党同门，妒道真的政治目的。刘歆的批评可谓一针见血。
刘歆是个非常有学问的人。他是汉代楚元王刘交的后裔，他父亲刘向，也是一个学问渊博的人，曾奉诏整理当时皇家藏书。刘向去世后，刘歆接着做这个工作。他们父子两个对当时的典籍做了一次全面的整理。基本上我们今天看到的在他们之前的书，都经过他们整理了一遍。刘歆提出古文经学，受到很大的反对，甚至受到生命威胁，无奈之下，不得不到外地做官，躲风头。后来，刘歆帮助王莽建立了新朝，借助王莽之力，才确立了古文经学的地位。
后来，随着王莽的倒台，古文经学也被随后建立的东汉王朝排斥出主流意识形态之外。
后来，孔壁发掘出的古文尚书，在汉末已经见不到了，真假无从考证。就连这件事究竟有没有，也被人怀疑的，因为只有刘歆的一面之词，孔安国那里也是死无对证。清代的刘逢禄、近代康有为、梁启超都是这么怀疑，认为实际上就是刘歆伪造出来的，是争权力的。
如果造伪的罪名成立，那这就算是第二次伪尚书事件，也是影响最大的一次伪造事件。当然，因为原物都不见了，也很难判定是不是造假。
西汉竟宁元年，第三次伪尚书事件发生在汉成帝时，有个叫张霸的人，发现了一个102篇的版本，上交给了国家。很快，经学专家就确定了，这个是伪造的。这个版本很快也不见了，没流传下来。
第四次，是东汉时一个叫杜林的人，据说在西州得到漆书《尚书》，这个也被后人确定为假，不过这个也没有传下来。
王莽建立的新朝，很快就灭亡了，与之一起树立的古文经学，也随之被逐出学官。但在民间，古文经学已经广泛流传开来。汉灵帝建宁元年（公元168年），儒学大师郑玄遍注群经，整合了今古文尚书。很长时间内，人们读到的都是合并本《尚书》。
那么，此时的《尚书》定型了吗？还没有。
郑玄所处的东汉末年，三国纷争，兵荒马乱。文化中心长安、洛阳，都成为废墟，导致大批文献典籍灰飞烟灭，包括《尚书》，以及上面提到的很多学者研究成果。
西晋灭亡之后，宗室司马睿南迁江左后建立起东晋政权。东晋是汉族的门阀士族政治，与北方的五胡十六国并存，这一历史时期又称东晋十六国。东晋时代，内部四分五裂。东晋与之前的孙吴以及其后的宋、齐、梁、陈，合称为六朝。东晋偏安一隅，小朝廷稳定下来之后，开始振兴文化事业。偌大国家，竟然又找不到一部《尚书》了！
作为当时主要的汉人政权，没有《尚书》怎么立国，这时候，汝南（今湖北武昌）人，豫章内史梅赜，献给朝廷一本《尚书》。这个版本共58篇，还有据说是孔安国做的传，就是每一篇前面都一段话，解释每篇的写作由来。
梅赜的《尚书》58篇，是把西汉的29篇拆分成33篇，他又另外添了25篇，说是《古文尚书》。这个版本比较全面，加上东晋也没有别的版本，所以被朝廷奉为正宗，流传开来。从此，中国人才有了一个固定的《尚书》版本，这就是我们今天看到的版本。梅赜献的《古文尚书》及《尚书孔氏传》被东晋立为官学。但被宋以来的考据家又指为伪书。
南宋初年，吴棫、朱熹等学者怀疑梅赜的这部尚书，认为从文字看不像周秦时的文词。到元明清时，有更多的学者继续指责梅赜这部尚书。元代赵孟頫，明代梅鸯作《尚书考异》，清代阎若璩作《尚书古文疏证》，清代惠栋作《古文尚书考》以及清华简均认为梅赜的《尚书》系伪书。
清华简是2008年7月，清华大学校友赵伟国从境外向母校清华大学捐赠了2388枚战国竹简。这批竹简由赵伟国从境外拍卖所得后捐赠给清华的。至于这批竹简的出土时间、流散过程，如今已不得而知。清华简系战国竹简，经碳14测定证实，清华简是战国中晚期文物，文字风格主要是楚国的，简的数量一共约有2500枚包括少数残断简，是迄今发现的战国竹简中为数最多的。
尚书，必须有注有疏才能看。今天我们看到的尚书，主要是两个版本系统，也就是注疏版本。
一个是唐代注疏整理的，唐太宗命令孔颖达主持，把儒家经典都整理了一遍，叫做“十三经”，《尚书》是其一种。

另一个是蔡沈的尚书集注，蔡沈是朱熹的学生，朱熹一生精力放在《四书》上，把注解《尚书》的任务交给蔡沈。根据清光绪修《江苏澄江蔡氏宗谱》记载，蔡沈花了很大力气对梅赜的《尚书》做了注解。明清时代，考试主要用的就是蔡沈注解的这个版本。