植物GO注释（在线）

AgriGO是一款进行基因GO注释的在线软件，可快速且方便的对所需基因进行基因注释

直通车，戳这里

简单流程

以甜菜为例进行操作

• agriGO中点击species后，点击Beta vulgarisms

  
  

• 直接输入基因名称即可

  
  

为了找到和GO term对应的ID，先找到PLAZA，进入网站。点击data ->identifier Conversion, 找到甜菜，下载该ID对应的文件，进而可以确定甜菜基因组版本，并进行写脚本更换ID

• 结果下载并绘图
  获得差异基因，可点击downlodw进行下载。
  选取FDR<=0.05, p <0.05进行作图

library(ggplot2)
data <- read.table("Go_input.txt",header = T,sep = "\t")

attach(data)

dorder=factor(as.integer(row.names(data)),labels = data$Term)  ###sorted by the Term,

p <- ggplot(data,aes(x=dorder,y=queryitem,fill=term_type))+geom_bar(stat = "identity",width = 0.8)+

  xlab("") + ylab("Gene count") +theme_bw()+

scale_fill_discrete(name="GO_category",breaks=c("C","F","P"),labels=c("CC","MF","BP"))+  ##change the legend text

  theme(panel.background = element_rect(fill = "transparent",colour = NA),\ 
axis.text.y = element_text(size = 7),\ 
axis.text.x = element_text(face = "bold",angle = 70,\ 
vjust = 1,hjust = 1,size = 7))

结果如下