[ShinyApp]第一次将ShinyApp部署到云服务器的经历

不知道各位是否经历过,利用shinyapp官网的上传方式(shinyapp.io)来部署我们的应用,用户上传文件的速度过于缓慢,一个几M的压缩包要上传N年! 为了满足项目的需要,有什么好的办法解决这个问题呢?【背景】

我在网上看到有个博主遇到的情况和我类似,他建议将shinyapp部署到云服务器上。于是也尝试将自己写的app部署到云服务器上。

PS: 这是第一次用云服务器,另外没有接触过Linux系统,可以说对这一套流程完全懵逼!
------ PART 1 云服务器(ECS)

话不多说,直接开干!一开始我也看了许多博主的经验贴,然后基本上所用到的软件就是shiny server,于是我就转到这个软件的官网。嚯!好家伙,要Linux系统,这我一电脑windows,这Linux也不会啊,但是没办法,得认清现实。


Platform

下一步就是要下载一个带Linux系统的云服务器了,于是我就转到了某里云的网址,一堆新奇玩意儿应接不暇,如ECS,域名注册,公网IP等等。那我们肯定是需要云服务器啦(ECS)。然后误打误撞,看见了有免费试用的页面,这里就不放上面了,读者自行查找。结合最开始那个博主的帖子,我也尝试试用了一台1核2G的服务器,
其中地域随机分配的,1M带宽,系统是ubuntu 20.04 64位,然后买完就是下面这个样子:


实例

但是,还没完,我们要给这个新玩意儿配置安全组!(别问我为什么,我也是学百度的做法)
更多->网络和安全组->安全组配置->配置规则->手动添加->依次设置


安全组

其中描述随便写啦,点击保存就OK了。但是,我们怎么操控我们的服务器呢?点击实例里面的操作(远程连接),里面有3种方案:Workbench,VNC远程连接,发送远程命令。系统推荐使用第三种,但是我选择第二种。第一次用VNC要设置实例密码,6位数,以后每次用这个登录都必须要输入VNC密码!!设置好了之后,愉快的ubuntu操作页面就出现了。
------ PART 2 R

首先引入眼帘的是,登录页面(当时这里不知道输啥,还以为是阿里云的账号,然后疯狂百度),我们应该输入root,然后密码是实例密码,相当于windows的初始管理员admin。然后就可以输入Linux代码啦!要修改配置,为了安装R的最新版本,输入命令

vim /etc/apt/sources.list
sources

要拉到底才看得见绿色的提示,输入E,进入编辑模式,插入

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/

要结合R语言官网对ubuntu不同版本安装的要求,我这里安装的是R4.0的版本。
输完按ESC,然后按住shift+ : ,最底部可以输入,我们输入wq,表示退出(PS:强制退出q!),退出后我们新建一个新用户,为了shiny环境的部署,我们就直接取名为shiny,输入:

useradd shiny 
passwd shiny 

此时会让我们输入shiny用户的密码,建议和root密码一样(以防遗忘),然后我们给shiny添加root权限,输入:

chmod +w /etc/sudoers
sudo vim /etc/sudoers 

注意这是在root下,如果你是在shiny用户下,你要键入:sudo su
然后输入root密码就好了,如果你想切换到shiny用户下,键入:sudo su shiny
上面2行命令输完后,就进入到sudoers编辑页面,找到root ALL=(ALL:ALL) ALL,在他的下面输入

shiny  ALL=(ALL:ALL)  ALL
shinyALL

此时退出编辑页面,我们可能会遇见下面这种情况,


Error

强制退出!按住shift+ : ,最底部可以输入q!,再删除文件可写权限,输入:

chmod -w /etc/sudoers 

现在切换到shiny账号,输入

sudo su shiny

然后按照R官网的安装说明,一步步安装

R

然后输入:

sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base

运行成功,就会出现下面的界面:


R

是不是感觉到一股熟悉的味道~,然后按q()退出,输入

sudo R -e "install.packages('shiny', repos = 'https://mirrors.tongji.edu.cn/CRAN/')"

下载shiny包,注意你是在shiny账户下,以后下载所有的包都要在shiny账户下,不然你的shinyapp是运行不了的。进一步,下载R包的可能依赖包,参考这位博主:

Ubuntu安装R及R包 (bbsmax.com)

sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base
sudo apt-get install r-base-dev

sudo add-apt-repository -y ppa:opencpu/imagemagick
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y libmagick++-dev
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

非常重要!!不然后续下载R包会自闭!

------ PART 3 shiny server

我们现在,进入到安装shiny server的环节,先转到官网


shiny server

按照上面说的,输入:

sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download3.rstudio.org/ubuntu-14.04/x86_64/shiny-server-1.5.16.958-amd64.deb
sudo gdebi shiny-server-1.5.16.958-amd64.deb

这时候,我们要测试shiny是否安装好,在浏览器中,输入你的公网IP,就是云服务器实例那一栏里面的,随后输入: :3838,此时就可以进入到shiny的欢迎页面!


welcome

如果不能显示,请读者返回最开始的步骤,看看是不是在安全组里面,没有加入3838!然后,欢迎页面的右侧例子是否能正常显示,主要是右下角的app,如果出现错误,你必须像安装shiny一样,再安装Rmarkdown。
此外,还需要注意的是,为了能够明确的显示报错信息,我们必须修改shiny server的配置文件,键入:

vim /etc/shiny-server/shiny-server.conf

按照之前所说的操作模式,像下面图一样,输入前几行:

preserve_logs true;
sanitize_errors false;
run_as shiny;
conf

然后保存退出编辑模式,这样做的还有一个好处是,我们之后部署的shinyapp如果出错了,可以掉取日志来查看出错原因!(之后介绍)

------ PART 4 文件上传(FileZlia)

既然我们安装好了R,shiny,shiny server,现在最关键的问题变成了如何将我们已经在本机调试过的app文件,传到云服务器上?毕竟我不会Linux,要是能有像windows,直接把文件拖到另外盘一样不就好了!Filezlia ! 具体安装,以及Filezlia相关设置问题,参见这位博主写的帖子,非常详细:

Filezilla使用教程_wy_091112的博客-CSDN博客_filezilla使用

注意,要同时下载FileZila的server端与client端!
输入公网IP,账号,密码,端口输入22,进行快速连接,成功后就是下面这个样子:


FileZila

这让一个没接触过linux系统的,只会windows的我,看起来不要太舒服!然后就是喜闻乐见的传app文件的时刻了,我们在本机上找到对应文件,然后上传到云服务器的 /srv/shiny-server 位置,如图:


srv

如果在上传过程中,发现上传失败,一定要检查权限!可以输入:

sudo chmod 777 -R /srv/shiny-server/ 

具体参见这位博主写的文章:

R语言-Shiny部署 - 哔哩哔哩 (bilibili.com)

敲黑板!!一定要提前下载好app文件里面所需要的R包,而且还是shiny账户下!不然会报错!在ubuntu上下载R包最大的困难是不能解决包依赖问题,这个就请读者遇到了自行百度吧。

最终,我们检阅部署结果!!!

我们在浏览器输入:公网IP:3838/app name,其中app name是你将你的app文件传到云服务器的文件名,到这里即可成功将app部署到我们的云服务器上!

下面列举出我当时参考的帖子:

云服务器部署shiny应用终极指南 - 知乎

(数据科学学习手札66)在ubuntu服务器上部署shiny - 费弗里 - 博客园

R语言-Shiny部署 - 哔哩哔哩

------ 后话
  1. 如果出现错误,请学会看shiny server的日志
    在FileZila里面,转到 /var/log/shiny-server 位置,我们会看到我们运行shinyapp的各种日志,找到报错的日志(通常是时间最近的那个),点开就知道出现了什么问题。但是有一种除外,就是直接写“Killed”,那么我们就需要从云服务器里面看到底发生了什么!如果出现了提示“Out of memory”,那就是内存不足,需要升级我们的云服务器配置,想要查看具体被“Killed”的原因,可以查看这位博主写的文章:

linux 程序被Killed,如何精准查看日志_shuihupo的博客-CSDN博客

  1. 一些简单的linux命令
    转到某个文件夹:cd /fiename 比如转到 shiny-server 输入:
cd /srv/shiny-server

切换到shiny用户:

sudo su shiny

强制关闭进程:ctrl+C
强制退出账号:ctrl+D
进入R软件: 直接输入R

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 204,684评论 6 478
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 87,143评论 2 381
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 151,214评论 0 337
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 54,788评论 1 277
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 63,796评论 5 368
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,665评论 1 281
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 38,027评论 3 399
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,679评论 0 258
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 41,346评论 1 299
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,664评论 2 321
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,766评论 1 331
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,412评论 4 321
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 39,015评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,974评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,203评论 1 260
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 45,073评论 2 350
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,501评论 2 343

推荐阅读更多精彩内容