分析单细胞分析主流软件R有seurat（降维聚类），Python有scanpy
聚类后的自动注释软件主要是Scibet,SingleR
肿瘤细胞cnv分析包括inferCNV，copyKAT等
软件安装自然使用conda更简单直接：
wget "https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.10.3-Linux-x86_64.sh"
chmod 777 Miniconda3-py39_4.10.3-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-py39_4.10.3-Linux-x86_64.sh
查看已经安装过的镜像源
conda config --show
#删除对应源的镜像地址
conda config --remove channels url地址
#设置搜索时显示通道地址
conda config --set show_channel_urls yes
#确认是否安装镜像源成功
conda config --show#找到对应的channels代表安装成功
#conda查看所有已经创建的环境
conda info --envs
#创建r4-base的环境，这个环境名可以随意设置，R4.1.0也是可以的
conda create -n singlecell
#激活r4-base的环境，每次打开之后如果要加载安装的R都要激活一次环境
source activate singlecell
#安装r-base
conda install -c conda-forge r-base
#退出当前环境
conda deactivate
#conda安装R软件
conda install r-ggplot2
安装seurat
Conda install -c conda-forge r-seurat
安装scibet
#进入R：
#安装依赖包：
install.packages("Rcpp")
install.packages("RcppEigen")
install.packages("ggsci")
install.packages("viridis")
install.packages("tidyverse")
#安装scibet:
if (!requireNamespace("devtools", quietly = TRUE)) install.packages("devtools")
devtools::install_github("PaulingLiu/scibet")
#如果缺devtools包，可以退出R，conda安装
conda install r-devtools
或者安装依赖包
conda install r-gert
conda install r-usethis
再进行安装：
options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
install.packages("devtools")
library(devtools)
安装ingleR
conda create -n singleR -c conda-forge r-base=4.1.2 -y
conda activate singleR
conda install -c conda-forge r-seurat=4.1.0 -y
conda install -c conda-forge r-irkernel=1.3 -y
conda install -c conda-forge r-biocmanager=1.30.16 -y
conda install -c conda-forge r-viridis=0.6.2 -y
conda install -c conda-forge r-pheatmap=1.0.12 -y
进入R：
BiocManager::install("SingleR")
#安装不成功可退出R，使用conda 安装
conda install r-singler
BiocManager::install("celldex")
IRkernel::installspec(name='singleR', displayname='r-singleR')
安装singleR的同时可直接加载或者下载其自带的7个数据库
BlueprintEncodeData Labels（人）
HumanPrimaryCellAtlasData Labels（人）
DatabaseImmuneCellExpressionData Labels（人）
NovershternHematopoieticData Labels（人）
MonacoImmuneData Labels（人）
ImmGenData Labels(鼠)
MouseRNAseqData Labels（鼠）
联网下载不同数据库文件的代码是：
library(SingleR)
cg=BlueprintEncodeData()
cg=DatabaseImmuneCellExpressionData()
cg=NovershternHematopoieticData()
cg=MonacoImmuneData()
cg=ImmGenData()
cg=MouseRNAseqData()
cg=HumanPrimaryCellAtlasData()
#下载完成后的使用方法：
cg=celldex::MouseRNAseqData
其他R包安装：
当使用install.packages("devtools")报错无包的时候都可以尝试
BiocManager::install("scater")
安装stringr包
install.packages("stringr", configure.args="--disable-pkg-config")
安装的时候注意看提示：
···
package(s) not installed when version(s) same as or greater than current; use
force = TRUE to re-install: 'scater'
BiocManager::install("scater",force = TRUE)
···
BiocManager::install("scRNAseq",force = TRUE)
BiocManager::install("ensembldb",force = TRUE)
BiocManager::install("rtracklayer",force = TRUE,ask=F,update=F)
