每次在SRA上面下数据都要打命令，太烦了，于是自己写了个小shell脚本，能够快速地下载并解压SRA数据，方便使用。

主程序如下

#!/bin/sh
#调用prefetch下载SRA数据库的测序文件，并用pfastq-dump转化为fastq文件。
#以上依赖的两个软件：SRA Toolkit 和 pfastq-dump需要预先配置好。
#需要在当前目录的download_list.txt文件中把SRA编号，每个一行事先准备好，具体格式参考example.txt
#建议使用NCBI的SRA RUN SELECTOR直接导出。
read  -p "请输入下载列表文件名:" downloadlist
read  -p "请选择单端(SE)，双端(PE)测序:" class
read  -p "请输入要使用的线程数:" thread
if [ $class = "SE" ]; then
    cat $downloadlist | while read line
  do
    echo $line 
    prefetch $line -o ./${line}.sra
    pfastq-dump --gzip --threads $thread --outdir ./ ./${line}.sra
  done
elif [ $class = "PE" ]; then
    cat $downloadlist | while read line
  do
    echo $line
    prefetch $line -o ./${line}.sra
    pfastq-dump --gzip --split-3 --threads $thread --outdir ./ ./${line}.sra 
  done
else echo "错误的输入！"
fi

downloadlist示例

SRR8131605
SRR8131606
SRR8131607
SRR8131608
SRR8131609
SRR8131610
SRR8131611
SRR8131612
SRR8131613
SRR8131614
SRR8131615
SRR8131616

实际上只用pfastq-dump就可以直接把SRA一边下载一边解压成fastq文件，但是实测经常会报错，还是这样做稳一点，速度也很快的。