介绍
在分子动力学模拟中,首先要给分子添加力场。一般来说,使用Discovey Studio可以自动匹配大部分分子的力场参数,但若使用charmm36等力场时,会缺失某些分子的自动参数估计值,提示“xxxx could not be typed with the current forcefield”。下面以DS的官方教程为例。
添加力场
以示例文件为例:File>Samples>Tutorials>Simulation>1hho.pdb
应用charmm27力场:Simulation>Change Forcefield>Forcefield: charmm27>Apply Forcefield
此时提示:“1hho could not be typed with the current forcefield. See the Change Forcefield toolpanel for more information.” 说明这个分子在charmm27无内置参数,点击“OK”。
自定义残基属性
查看缺失的信息:Simulation>Change Forcefield>Forcefield Status>More
在弹出的信息栏中点击“Atoms”:
发现是A链上的HEM143残基上的NA、NB、NC、ND原子缺失力场参数
在层级面板展开HEM143链,选中这些原子
或者直接在信息栏上选中这些原子
右键滑动一下视图窗口,使在保持选择状态下工具栏为可用状态
自定义残基属性:Simulation>Change Forcefield>Forcefield Customization>Modify Atom Type
选择“NPH”,点击“OK”
不同残基不同原子力场属性都是不一样的,实操时需查阅文献确定
此时力场已完整,可用于分子动力学模拟