一个基因/样品如何画热图呢?

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在科研数据分析中,我们往往是抽丝剥茧,希望找到几个,最好就是一个关键基因,比如我们想找易感基因、驱动基因、Marker基因等。当然功夫不负有心人,最终我们都可能如愿以偿!但后续如何把结果呈现出来,却要不知所措了:一个基因的数据该如何可视化?可以画热图吗?

一般的情况,我们画出来的图是这样的:

图1 普通热图

如何完善上面的图呢?首先我想到的两个思路是,1. 把热图掰弯变成环形热图;2. 调整热图的图例及比例构成。那么如何实现呢? 接下来我们可以通过“派森诺基因云(https://www.genescloud.cn)”的“交互原值热图”进行实现。

1 准备数据

准备图2, 图3 所示数据,“交互原值热图”工具支持两种类型的数据。

图2 纵向数据
图3 横向数据

2 提交绘图

上传数据后,一键提交绘图。

图4 提交数据绘图

3 参数调整

在图表调整里面,选择【图表设置→图表类型→圆形图】,除了对图表类型外,还可以对图表的颜色及图例等样式进行设置。

图5 选择圆形图

不同的数据结构,得到的图也不一样,如下所示:

图6 纵向数据结果图
图7 横向数据结果图

如果对上述图还有更加个性化的要求,大家可以下载pdf或者svg格式的图片,导入AI软件进行处理,比如调整字体、图例位置等。下面给大家分享一个图形换色的功能。点击AI软件【编辑→编辑颜色→重新着色图稿】,可以根据需要选择互补色、近似色等智能推荐方案,也可以自定义更改目前的颜色。

图8 编辑颜色
图9 编辑颜色面板
图10 调色后示例
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