本教程基于银白杨顶芽单细胞测序数据，聚焦 CYC 和 CDK 基因家族参与叶片发育的分子机制，适配有少量生信基础（了解 Linux 基本操作、R 语言入门）的读者。教程共4节，遵循 “软件准备→基础分析→细胞注释→高级挖掘” 的分析流程，代码均来自实际研究，注释结合发表文章核心结果，确保 “代码可复现、结果可解读”。
第4节，拟时序分析
####拟时序分析是模拟各个组织之间的发育过程，这里需要根据差异基因进行分析，不同差异基因、不同的软件、不同的参数得到的轨迹是天差地别的，如使用seurat选择的高变基因，使用clusters差异表达基因，使用monocle选择的高变基因。另外细胞组织类型的选择，也有很大的影响。我建议大家都把主流差异基因计算的轨迹都算一次，算出20个左右，然后根据真实的发育规律判断哪一个轨迹适合放到文章里，如叶片一定从叶原基起源，叶原基分布在茎尖分生组织SAM中，所以SAM一定是轨迹开端，需要根据实际情况而选择。#######
#######请转b站的链接“https://www.bilibili.com/opus/1169519762223398918”#########
结语：
单细胞RNA-seq的基础教程结束了，现在植物单细胞迭代太快了，更优秀的原生质体制作方式和分析流程请关注上海植生所的王佳伟团队。这套教程更多是为了我自己的文章而制作，有使用AI辅助创作，或许部分有疏漏，敬请谅解。
#封面：末日后酒店
##再也不再这个平台更新了，我的代码说有两个链接，不让发布，可恶！##
