第一：转换ID两个数据包
library(hgu133a2.db)
ls("package:hgu133a2.db")
ids=toTable(hgu133a2SYMBOL)
理解ID转换
library(org.Hs.eg.db)
ls("package:org.Hs.eg.db")
g2s=toTable(org.Hs.egSYMBOL);head(g2s)
g2e=toTable(org.Hs.egENSEMBL);head(g2e)
tmp=merge(a,g2e,by='ensembl_id')
tmp=merge(tmp,g2s,by='gene_id')
第二：hclust
colnames(exprSet)=paste(group_list,1:ncol(exprSet),sep='_')
# Define nodePar
nodePar <- list(lab.cex = 0.6, pch = c(NA, 19),
cex = 0.7, col = "blue")
hc=hclust(dist(t(exprSet)))
par(mar=c(5,5,5,10))
png('hclust.png',res=120)
plot(as.dendrogram(hc), nodePar = nodePar, horiz = TRUE) ######这里画图
dev.off()
 image.png
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 image.png
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第三 关于生存资料
并不是所有的项目都包含有生存资料的。有生存资料的很少。
image.png
