有数据没思路?看完这篇预后模型发SCI简简单单!

众所周知,预后模型构建已经成为生信领域的的Top级热点方向,相关文章的发表越来越多,那么发文竞争性就会变大,如果想做这个方向,又该如何提高自己的竞争力呢?大碗建议是是思路创新+实验验证两条腿走路,SCI都不再是问题!今天大碗就要分享一篇预后模型构建的文章,中文名字叫做与人胃癌免疫特征相关的血管生成模拟预后特征。下面我们大家一起来看吧!


题目 :与人胃癌免疫特征相关的血管生成模拟预后特征

杂志:《Frontiers in Immunology》

影响因子:IF=7+

01 研究背景

(1) 胃癌(GC)是世界上最致命的恶性肿瘤之一,预后不佳。

(2) 血管拟态(VM)在肿瘤中替代血液供应,是独立于内皮细胞和血管生成的。

(3) 既往研究表明VM与GC患者预后不良相关,但其机制及VM与GC免疫浸润的关系尚未深入研究。


02 研究思路

(1) 使用GEPIA数据库分析发现VM相关基因在各种消化道肿瘤中高表达

GO和KEGG富集分析显示VM基因参与了TNF信号通路、HIF-1信号通路、VEGF信号通路和灶性粘连等。

GEPIA分析发现VM相关基因与消化道肿瘤的不良预后相关。





(2) 使用单因素和多因素Cox回归分析发现SERPINF1和TFPI2这两个VM相关基因为GC的hub基因且为危险因素.



(3) 基于SERPINF1和TFPI2基于构建VM指数相关的风险预后模型,通过Kaplan-Meier曲线分析发现VM指数越高,患者预后更差,再次验证SERPINF1和TFPI2为GC的危险因素。



(4) 将高VM指数组与低VM指数组进行差异分析得到差异基因,进一步探讨高低VM指数两组的GSEA富集分析。


(5) 为进一步了解免疫细胞浸润与VM指数之间的关系,使用R包“SsGESA”再次进行免疫浸润分析,结果显示VM指数与免疫应答相关。且免疫检查点CD28、CD86、BTLA、CD40LG、CD4和CD8A的表达与VM指数呈正相关。








(6) 利用VM指数构建GC列线图量化患者风险评估及生存状态。



(7) 免疫组化实验验证SERPINF1在GC组织中的表达高于相邻的肺肿瘤组织。


03 文章小结

这篇文章思路非常清晰,本研究基于SERPINF1和TFPI2构建了一种新的与VM指数相关的GC风险评分模型。该研究与以往常规预后模型构建文章思路不同,加入了VM这一新兴的靶点,并且证实VM广泛参与了免疫浸润和免疫检查点的调节。提出VM可能是一个有前途的分子靶点来指导免疫治疗。整体逻辑非常流畅,得到结论比较可信,值得我们学习。接着感兴趣的朋友,码住这个思路行动起来吧



最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
【社区内容提示】社区部分内容疑似由AI辅助生成,浏览时请结合常识与多方信息审慎甄别。
平台声明:文章内容(如有图片或视频亦包括在内)由作者上传并发布,文章内容仅代表作者本人观点,简书系信息发布平台,仅提供信息存储服务。

相关阅读更多精彩内容

友情链接更多精彩内容