发现当初学的DREME被淘汰了
试了用streme写了一个，先把所有sequences.fasta移动到/home/data/t210424/m6a/peak3
streme.sh
#!/bin/bash
# 输入和输出目录
output_dir="/home/data/t210424/m6a/peak3"
# 定义组名和对应的 FASTA 文件名
declare -A fasta_files
fasta_files=( ["sh"]="RIP_sh_sequences.fasta" ["Sham"]="RIP_Sham_sequences.fasta" ["SNI"]="RIP_SNI_sequences.fasta" )
# 使用 STREME 查找长度为 6 的 motifs
for group in "${!fasta_files[@]}"; do
fasta_file="${output_dir}/${fasta_files[$group]}"
streme_output_dir="${output_dir}/${group}_streme3"
if [ -f "$fasta_file" ]; then
# 运行 STREME
streme --p "$fasta_file" --rna --minw 6 --maxw 12 --o "$streme_output_dir"
else
echo "FASTA file does not exist: $fasta_file"
fi
done
试了三次，minw maxw分别用固定值6 10 和范围6-12，结果都很奇怪，Sham_streme文件夹和2、3
pass
