2025-01-28 再用DREME跑一个motif看看咸淡

发现当初学的DREME被淘汰了

试了用streme写了一个，先把所有sequences.fasta移动到/home/data/t210424/m6a/peak3

streme.sh

#!/bin/bash

# 输入和输出目录

output_dir="/home/data/t210424/m6a/peak3"

# 定义组名和对应的 FASTA 文件名

declare -A fasta_files

fasta_files=( ["sh"]="RIP_sh_sequences.fasta" ["Sham"]="RIP_Sham_sequences.fasta" ["SNI"]="RIP_SNI_sequences.fasta" )

# 使用 STREME 查找长度为 6 的 motifs

for group in "${!fasta_files[@]}"; do

  fasta_file="${output_dir}/${fasta_files[$group]}"

  streme_output_dir="${output_dir}/${group}_streme3"

  if [ -f "$fasta_file" ]; then

    # 运行 STREME

    streme --p "$fasta_file" --rna --minw 6 --maxw 12 --o "$streme_output_dir"

  else

    echo "FASTA file does not exist: $fasta_file"

  fi

done

试了三次，minw maxw分别用固定值6 10 和范围6-12，结果都很奇怪，Sham_streme文件夹和2、3

pass