作者，Evil Genius
今日我们需要实现的目标，visium的高精度分析，这种分析最直观的提升就是看到细胞在不同区域的分布状态，区域细胞密度，比直接分析visium，不做图像分割的HD、Stereo-seq，完全不知道细胞分布状态要好的多。
一些常识
细胞在微环境中的位置是其功能和与邻近细胞相互作用的关键决定因素。
分析框架
分析需要实现的目标
反卷积: 估计空间组织每个捕获区域中每种细胞类型的丰度。
分解:将空间转录组学数据分解到单细胞水平。
伪单细胞分辨率图像:生成伪单细胞分离率图像来重建细胞邻域。
准备好数据，visium数据，单细胞数据，HE染色图片。
- Install and load packages
- Load Visium and scRNA data
- Select marker genes for the deconvolution
- Deconvolution: Estimate cell abundance in spatial spots
- Segmentation: Estimate cell number in each spatial spot
- Decomposition: Decompose the expression of each spatial spot into single-cell level
- Generate pseudo single-cell resolution image
