机构编制管理是国家行政管理的一项重要内容，科学、合理、 系统地搞好机构编制管理，对于推动行政管理体制改革，提高工作效率，减轻财政负担和促进社会进步都具有重要的现实意义。
但是，由于种种原因，事业单位在蓬勃发展，取得巨大成就的同时，还在机构编制管理和发展中存在一些问题:
1. 宏观失控，微观失调。
事业单位在机构设计上缺乏统一性。有些部门职能相近，能协作的不协作，能合并的不合并，形成了一种你有我也有，各搞一套自成体系的情况。其结果导致机构越设越庞大 人员越来越多。
2.偏重发展,忽视需要。
由于过去事业单位一切由国家包揽，其管理基本上靠行政化的管理方式，在实际上往往出现主观因素过多，与实际相脱离的问题。结果造成了事业单位的发展与整个社会经济实际需要在一定程度上脱节。
3.界限不清，职能不分。
本来行政机关与事业单位的界线是很清楚的，行政机关是依法对国家各项事务实施管理的机关，它的管理职能主要是外部的是对全社会的。而事业单位主要是为经济活动和社会活动提供直接或间接的服务，一般不具备外部管理职能。但是多年来不仅国家用行政手段管理事业单位，而且事业单位的自身的组织形式、管理方式、经营手段以及人事制度等方面也仿效行政机关，致使事业单位“行政化”，违背了事业单位的内在发展规律。
4增长过快,缺乏管理
目前事业单位编制缺乏有效管理，不适宜的人员增长过快的现象愈来愈严重。 由于在增加事业机构编制时，没有全局观点，缺乏统一性和科学性，导致机构重复设计，人员增长过快，许多单位增加的经费基本上被“人头”吃掉了。
