【pipeline】Nextflow 简介

写在前面

Nextflow
Nextflow是数据驱动的pipeline,使用软件容器实现可扩展、可复写,适应于大多数常见脚本语言,流畅的领域特定语言(DLS)简化了在云和集群上的部署和复杂并行工作流程的开发。


Groovy介绍

Nextflow doc

1.get started

2.基本概念

3.Pipeline script 语法格式

4.几个重要概念

  • Processes
  • Channels
  • Operators
  • Executors
  • Configuration

5.高级管理

  • 亚马逊云
  • 亚马逊S3存储
  • Conda环境
  • Docker容器
  • Singularity容器
  • Apache lgnite
  • Kubernetes

6.其他

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